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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h6e | |||||||||
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タイトル | PTC3 holotoxin complex from Photorhabdus luminecens in prepore state (TcdA1, TcdB2, TccC3) | |||||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN / pore forming toxin / translocation / bacterial toxin / a-PFT / Photorhabdus / ABC | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Photorhabdus luminescens (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Gatsogiannis, C. / Merino, F. / Roderer, D. / Balchin, D. / Schubert, E. / Kuhlee, A. / Hayer-Hartl, M. / Raunser, S. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Tc toxin activation requires unfolding and refolding of a β-propeller. 著者: Christos Gatsogiannis / Felipe Merino / Daniel Roderer / David Balchin / Evelyn Schubert / Anne Kuhlee / Manajit Hayer-Hartl / Stefan Raunser / 要旨: Tc toxins secrete toxic enzymes into host cells using a unique syringe-like injection mechanism. They are composed of three subunits, TcA, TcB and TcC. TcA forms the translocation channel and the TcB- ...Tc toxins secrete toxic enzymes into host cells using a unique syringe-like injection mechanism. They are composed of three subunits, TcA, TcB and TcC. TcA forms the translocation channel and the TcB-TcC heterodimer functions as a cocoon that shields the toxic enzyme. Binding of the cocoon to the channel triggers opening of the cocoon and translocation of the toxic enzyme into the channel. Here we show in atomic detail how the assembly of the three components activates the toxin. We find that part of the cocoon completely unfolds and refolds into an alternative conformation upon binding. The presence of the toxic enzyme inside the cocoon is essential for its subnanomolar binding affinity for the TcA subunit. The enzyme passes through a narrow negatively charged constriction site inside the cocoon, probably acting as an extruder that releases the unfolded protein with its C terminus first into the translocation channel. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6h6e.cif.gz | 2.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6h6e.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6h6e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6h6e_validation.pdf.gz | 713.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6h6e_full_validation.pdf.gz | 803.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6h6e_validation.xml.gz | 319 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6h6e_validation.cif.gz | 499.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h6e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 283229.406 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア) 遺伝子: tcdA, tcdA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RN43 #2: タンパク質 | | 分子量: 273678.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア) 遺伝子: tcdB2, TccC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GF99, UniProt: Q8GF97 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 94 % / 詳細: blot 3 sec before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 2.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 3068 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 205336 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 89148 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 68.03 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Model to Map FSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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