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- PDB-6gk2: Helical reconstruction of BCL10 CARD and MALT1 DEATH DOMAIN complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gk2
タイトルHelical reconstruction of BCL10 CARD and MALT1 DEATH DOMAIN complex
要素
  • B-cell lymphoma/leukemia 10
  • Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / BCL10 / MALT1 / CBM complex / helical reconstruction / cancer / autoimmune disease
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphotoxin A production / polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / protein kinase B binding / antifungal innate immune response / response to fungus / positive regulation of mast cell cytokine production ...positive regulation of lymphotoxin A production / polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / protein kinase B binding / antifungal innate immune response / response to fungus / positive regulation of mast cell cytokine production / CARD domain binding / T cell apoptotic process / negative regulation of mature B cell apoptotic process / B cell apoptotic process / CLEC7A/inflammasome pathway / programmed cell death / nuclear export / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-canonical NF-kappaB signal transduction / response to food / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / small molecule binding / B cell activation / immunoglobulin mediated immune response / immunological synapse / general transcription initiation factor binding / endopeptidase activator activity / NF-kappaB binding / cellular defense response / positive regulation of phosphorylation / T cell proliferation / cytoplasmic microtubule / signaling adaptor activity / positive regulation of interleukin-2 production / proteolysis involved in protein catabolic process / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interleukin-8 production / neural tube closure / apoptotic signaling pathway / Activation of NF-kappaB in B cells / defense response / positive regulation of T cell cytokine production / protein homooligomerization / positive regulation of interleukin-6 production / CLEC7A (Dectin-1) signaling / positive regulation of T cell activation / FCERI mediated NF-kB activation / fibrillar center / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ubiquitin-protein transferase activity / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / peptidase activity / T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / protein-macromolecule adaptor activity / regulation of apoptotic process / endopeptidase activity / adaptive immune response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription coactivator activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lysosome / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / innate immune response / cysteine-type endopeptidase activity / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
B-cell lymphoma/leukemia 10/E10 / BCL10, CARD domain / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain ...B-cell lymphoma/leukemia 10/E10 / BCL10, CARD domain / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell lymphoma/leukemia 10 / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Schlauderer, F. / Desfosses, A. / Gutsche, I. / Hopfner, K.P. / Lammens, K.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular architecture and regulation of BCL10-MALT1 filaments.
著者: Florian Schlauderer / Thomas Seeholzer / Ambroise Desfosses / Torben Gehring / Mike Strauss / Karl-Peter Hopfner / Irina Gutsche / Daniel Krappmann / Katja Lammens /
要旨: The CARD11-BCL10-MALT1 (CBM) complex triggers the adaptive immune response in lymphocytes and lymphoma cells. CARD11/CARMA1 acts as a molecular seed inducing BCL10 filaments, but the integration of ...The CARD11-BCL10-MALT1 (CBM) complex triggers the adaptive immune response in lymphocytes and lymphoma cells. CARD11/CARMA1 acts as a molecular seed inducing BCL10 filaments, but the integration of MALT1 and the assembly of a functional CBM complex has remained elusive. Using cryo-EM we solved the helical structure of the BCL10-MALT1 filament. The structural model of the filament core solved at 4.9 Å resolution identified the interface between the N-terminal MALT1 DD and the BCL10 caspase recruitment domain. The C-terminal MALT1 Ig and paracaspase domains protrude from this core to orchestrate binding of mediators and substrates at the filament periphery. Mutagenesis studies support the importance of the identified BCL10-MALT1 interface for CBM complex assembly, MALT1 protease activation and NF-κB signaling in Jurkat and primary CD4 T-cells. Collectively, we present a model for the assembly and architecture of the CBM signaling complex and how it functions as a signaling hub in T-lymphocytes.
履歴
登録2018年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0013
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: B-cell lymphoma/leukemia 10
F: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0162
ポリマ－23,0162
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1220 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area12980 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 B-cell lymphoma/leukemia 10 / B-cell CLL/lymphoma 10 / Bcl-10 / CARD-containing molecule enhancing NF-kappa-B / CARD-like ...B-cell CLL/lymphoma 10 / Bcl-10 / CARD-containing molecule enhancing NF-kappa-B / CARD-like apoptotic protein / hCLAP / CED-3/ICH-1 prodomain homologous E10-like regulator / CIPER / Cellular homolog of vCARMEN / cCARMEN / Cellular-E10 / c-E10 / Mammalian CARD-containing adapter molecule E10 / mE10


分子量: 12614.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL10, CIPER, CLAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95999
#2: タンパク質 Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT lymphoma-associated translocation / Paracaspase


分子量: 10401.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MALT1, MLT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UDY8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of BCL10 CARD and MALT1 DEATH DOMAIN / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 104 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 99.6 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1SPRING0.86粒子像選択
4CTFFIND3CTF補正
7Cootモデルフィッティング
12SPRING0.86３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: -100.8 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.082 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 25776
3次元再構成解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9600 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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