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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f9c | ||||||
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タイトル | Model of the Rift Valley fever virus glycoprotein hexamer type 1 | ||||||
要素 | (Glycoprotein) x 2 | ||||||
キーワード | VIRUS / enveloped virus / RVFV / glycoprotein / fusion protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8 Å | ||||||
データ登録者 | Halldorsson, S. / Bowden, T.A. / Huiskonen, J.T. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Shielding and activation of a viral membrane fusion protein. 著者: Steinar Halldorsson / Sai Li / Mengqiu Li / Karl Harlos / Thomas A Bowden / Juha T Huiskonen / 要旨: Entry of enveloped viruses relies on insertion of hydrophobic residues of the viral fusion protein into the host cell membrane. However, the intermediate conformations during fusion remain unknown. ...Entry of enveloped viruses relies on insertion of hydrophobic residues of the viral fusion protein into the host cell membrane. However, the intermediate conformations during fusion remain unknown. Here, we address the fusion mechanism of Rift Valley fever virus. We determine the crystal structure of the Gn glycoprotein and fit it with the Gc fusion protein into cryo-electron microscopy reconstructions of the virion. Our analysis reveals how the Gn shields the hydrophobic fusion loops of the Gc, preventing premature fusion. Electron cryotomography of virions interacting with membranes under acidic conditions reveals how the fusogenic Gc is activated upon removal of the Gn shield. Repositioning of the Gn allows extension of Gc and insertion of fusion loops in the outer leaflet of the target membrane. These data show early structural transitions that enveloped viruses undergo during host cell entry and indicate that analogous shielding mechanisms are utilized across diverse virus families. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f9c.cif.gz | 700.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6f9c.ent.gz | 560.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f9c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/6f9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/6f9c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4198MC 4197C 4199C 4200C 4201C 4202C 4203C 4204C 4205C 4206C 4207C 4208C 4209C 4210C 4211C 6f8pC 6f9bC 6f9dC 6f9eC 6f9fC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34968.902 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A2T085, UniProt: P21401*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 46855.570 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rift valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A2T072, UniProt: P21401*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rift Valley fever virus / タイプ: VIRUS / 詳細: Cultured in Vero cells / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
ウイルス殻 | 名称: Glycoprotein shell / 直径: 1100 nm / 三角数 (T数): 12 |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: PBS |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Fixed with 0.2% v/v formaldehyde in PBS |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 22 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 179700 詳細: Sub-particle coordinates of the type 1 hexamers were calculated from particle coordinates using Localized Reconstruction in Scipion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55710 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |