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万見
- PDB-6eu2: Apo RNA Polymerase III - open conformation (oPOL3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eu2
タイトルApo RNA Polymerase III - open conformation (oPOL3)
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase III subunit ...) x 10
  • (DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ...) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5
キーワードTRANSCRIPTION / RNA Pol III / promoter opening
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase III activity / termination of RNA polymerase I transcription / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I complex / RNA polymerase I activity / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / nucleotidyltransferase activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / peroxisome / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / RNA polymerase III RPC4 / DNA-directed RNA polymerase III, subunit Rpc31 / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc31 / Pol III subunit C11, C-terminal zinc ribbon / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, C-terminal / RPC5 protein / RNA polymerase III, subunit Rpc25 ...DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / RNA polymerase III RPC4 / DNA-directed RNA polymerase III, subunit Rpc31 / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc31 / Pol III subunit C11, C-terminal zinc ribbon / DNA-directed RNA polymerase III subunit Rpc5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1, C-terminal / RPC5 protein / RNA polymerase III, subunit Rpc25 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / RNA polymerase III subunit Rpc25 / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / RNA polymerase Rpc34 / RNA polymerase III Rpc82, C -terminal / RNA polymerase Rpc34-like / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / RNA polymerase Rpc34 subunit / RNA polymerase III subunit RPC82 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3, helical hairpin domain / POLR3C, C-terminal winged-helix domain / RNA polymerase III subunit RPC82-related, helix-turn-helix / RNA polymerase III subunit RPC82 helix-turn-helix domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / RPB5-like RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Rubrerythrin, domain 2 / Gyrase A; domain 2 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / Homeodomain-like / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Beta Complex / RNA polymerase Rpb6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 ...DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Abascal-Palacios, G. / Ramsay, E.P. / Beuron, F. / Morris, E. / Vannini, A.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K014390/1 英国
Cancer Research UK Programme FoundationCR-UK C47547/A21536 英国
Wellcome Trust200818/Z/16/Z 英国
Marie Sklodowska-Curie Intra-European Fellowship655238 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structural basis of RNA polymerase III transcription initiation.
著者: Guillermo Abascal-Palacios / Ewan Phillip Ramsay / Fabienne Beuron / Edward Morris / Alessandro Vannini /
要旨: RNA polymerase (Pol) III transcribes essential non-coding RNAs, including the entire pool of transfer RNAs, the 5S ribosomal RNA and the U6 spliceosomal RNA, and is often deregulated in cancer cells. ...RNA polymerase (Pol) III transcribes essential non-coding RNAs, including the entire pool of transfer RNAs, the 5S ribosomal RNA and the U6 spliceosomal RNA, and is often deregulated in cancer cells. The initiation of gene transcription by Pol III requires the activity of the transcription factor TFIIIB to form a transcriptionally active Pol III preinitiation complex (PIC). Here we present electron microscopy reconstructions of Pol III PICs at 3.4-4.0 Å and a reconstruction of unbound apo-Pol III at 3.1 Å. TFIIIB fully encircles the DNA and restructures Pol III. In particular, binding of the TFIIIB subunit Bdp1 rearranges the Pol III-specific subunits C37 and C34, thereby promoting DNA opening. The unwound DNA directly contacts both sides of the Pol III cleft. Topologically, the Pol III PIC resembles the Pol II PIC, whereas the Pol I PIC is more divergent. The structures presented unravel the molecular mechanisms underlying the first steps of Pol III transcription and also the general conserved mechanisms of gene transcription initiation.
履歴
登録2017年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3957
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1
B: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2
C: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
D: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
M: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5
N: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4
O: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3
P: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6
Q: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)694,52724
ポリマ－694,11017
非ポリマー4177
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area84320 Å2
ΔGint-508 kcal/mol
Surface area219720 Å2
手法PISA

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要素

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DNA-directed RNA polymerase III subunit ... , 10種, 10分子 ABDGIMNOPQ

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1 / RNA polymerase III subunit C1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase ...RNA polymerase III subunit C1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase III subunit C160


分子量: 162517.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04051, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2 / RNA polymerase III subunit C2 / C128 / DNA-directed RNA polymerase III 130 kDa polypeptide


分子量: 129629.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22276, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9 / RNA polymerase III subunit C9 / RNA polymerase III subunit C17


分子量: 18623.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47076
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 / RNA polymerase III subunit C8 / DNA-directed RNA polymerase III 25 kDa polypeptide / RNA polymerase ...RNA polymerase III subunit C8 / DNA-directed RNA polymerase III 25 kDa polypeptide / RNA polymerase III subunit C25


分子量: 24349.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35718
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10 / RNA polymerase III subunit C10 / DNA-directed RNA polymerases III 12.5 kDa polypeptide / RNA ...RNA polymerase III subunit C10 / DNA-directed RNA polymerases III 12.5 kDa polypeptide / RNA polymerase III subunit C11


分子量: 12525.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04307
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5 / RNA polymerase III subunit C5 / DNA-directed RNA polymerase III 37 kDa polypeptide / RNA polymerase ...RNA polymerase III subunit C5 / DNA-directed RNA polymerase III 37 kDa polypeptide / RNA polymerase III subunit C37


分子量: 32178.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36121
#14: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4 / RNA polymerase III subunit C4 / C53 / DNA-directed RNA polymerase III 47 kDa polypeptide


分子量: 46751.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25441
#15: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3 / RNA polymerase III subunit C3 / C82 / DNA-directed III 74 kDa polypeptide / C74


分子量: 74112.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32349
#16: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6 / RNA polymerase III subunit C6 / C34 / DNA-directed RNA polymerase III 36 kDa polypeptide


分子量: 36174.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32910
#17: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7 / RNA polymerase III subunit C7 / DNA-directed RNA polymerase III 31 kDa polypeptide / C31


分子量: 27752.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P17890

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DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ... , 2種, 2分子 CK

#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / RNA polymerases I and III subunit AC1 / C37 / DNA-directed RNA polymerases I and III 40 kDa polypeptide / C40


分子量: 37732.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07703
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III 16 kDa ...RNA polymerases I and III subunit AC2 / AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III 16 kDa polypeptide / RPA19


分子量: 16167.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28000

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DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 27 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 27 kDa polypeptide


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20434
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 23 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 23 kDa polypeptide


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20435
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 14.5 kDa polypeptide


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20436
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 8.3 kDa polypeptide


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22139
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40422

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非ポリマー , 2種, 7分子

#18: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#19: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Apo RNA Polymerase III - Open Conformation / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.0.2粒子像選択
2EPU1.4.4画像取得
4CTFFIND4.1.5CTF補正
7Coot0.8.8モデルフィッティング
9PHENIX1.12-2829モデル精密化
10RELION2.0.2初期オイラー角割当
11RELION2.0.2最終オイラー角割当
12RELION2.0.2分類
13RELION2.0.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54213 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0339015
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0752685
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.14823956
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0595960
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0076778

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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