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- PDB-6eri: Structure of the chloroplast ribosome with chl-RRF and hibernatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eri
タイトルStructure of the chloroplast ribosome with chl-RRF and hibernation-promoting factor
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 21
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 4.5S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic
  • Ribosome-recycling factor, chloroplastic
  • bS1c
キーワードRIBOSOME / Chloroplast / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast stroma / plastid / ribosomal small subunit binding / chloroplast ...plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / chloroplast stroma / plastid / ribosomal small subunit binding / chloroplast / DNA-templated transcription termination / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily ...30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / : / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL4c / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL4c / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c / Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy / Small ribosomal subunit protein uS2c / Large ribosomal subunit protein uL22c / Small ribosomal subunit protein uS3c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Small ribosomal subunit protein uS8c / Large ribosomal subunit protein bL36c / Large ribosomal subunit protein uL13c / Small ribosomal subunit protein uS4c / Large ribosomal subunit protein uL16c / Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein bL35c / Large ribosomal subunit protein bL21c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein bL20c / Large ribosomal subunit protein bL32c / Large ribosomal subunit protein bL33c / Small ribosomal subunit protein bS16c / Small ribosomal subunit protein bTHXc / Small ribosomal subunit protein uS12cz/uS12cy / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein uS7cz/uS7cy / Small ribosomal subunit protein bS20c / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Small ribosomal subunit protein uS13c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Ribosome-recycling factor, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein bL34c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Small ribosomal subunit protein uS9c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Large ribosomal subunit protein cL38 / Large ribosomal subunit protein bL19c / Large ribosomal subunit protein uL23c / Small ribosomal subunit protein uS15c / Small ribosomal subunit protein bS18c / Small ribosomal subunit protein uS5c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Perez Borema, A. / Aibara, S. / Paul, B. / Tobiasson, V. / Kimanius, D. / Forsberg, B.O. / Wallden, K. / Lindahl, E. / Amunts, A.
資金援助 スウェーデン, 4件
組織認可番号国
Swedish Foundation for Strategic ResearchFuture Leaders Grant FFL15:0325 スウェーデン
Ragnar Soderberg FoundationM44/16 スウェーデン
Swedish Research CouncilNT-2016-04107 スウェーデン
Swedish Research CouncilNT-2013-5901 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2018
タイトル: Structure of the chloroplast ribosome with chl-RRF and hibernation-promoting factor.
著者: Annemarie Perez Boerema / Shintaro Aibara / Bijoya Paul / Victor Tobiasson / Dari Kimanius / Björn O Forsberg / Karin Wallden / Erik Lindahl / A Amunts /
要旨: Oxygenic photosynthesis produces oxygen and builds a variety of organic compounds, changing the chemistry of the air, the sea and fuelling the food chain on our planet. The photochemical reactions ...Oxygenic photosynthesis produces oxygen and builds a variety of organic compounds, changing the chemistry of the air, the sea and fuelling the food chain on our planet. The photochemical reactions underpinning this process in plants take place in the chloroplast. Chloroplasts evolved ~1.2 billion years ago from an engulfed primordial diazotrophic cyanobacterium, and chlororibosomes are responsible for synthesis of the core proteins driving photochemical reactions. Chlororibosomal activity is spatiotemporally coupled to the synthesis and incorporation of functionally essential co-factors, implying the presence of chloroplast-specific regulatory mechanisms and structural adaptation of the chlororibosome. Despite recent structural information, some of these aspects remained elusive. To provide new insights into the structural specialities and evolution, we report a comprehensive analysis of the 2.9-3.1 Å resolution electron cryo-microscopy structure of the spinach chlororibosome in complex with its recycling factor and hibernation-promoting factor. The model reveals a prominent channel extending from the exit tunnel to the chlororibosome exterior, structural re-arrangements that lead to increased surface area for translocon binding, and experimental evidence for parallel and convergent evolution of chloro- and mitoribosomes.
履歴
登録2017年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3941
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 23S ribosomal RNA
AB: 4.5S ribosomal RNA
AC: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic
AD: 50S ribosomal protein L3, chloroplastic
AE: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic
AF: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic
AG: 50S ribosomal protein L6, chloroplastic
AH: 50S ribosomal protein L9, chloroplastic
AJ: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic
AK: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic
AL: 50S ribosomal protein L15, chloroplastic
AM: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic
AN: 50S ribosomal protein L17, chloroplastic
AO: 50S ribosomal protein L18, chloroplastic
AP: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic
AQ: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic
AR: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic
AS: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
AT: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic
AU: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic
AW: 50S ribosomal protein L27, chloroplastic
AX: 50S ribosomal protein L28, chloroplastic
AY: 50S ribosomal protein L29, chloroplastic
AZ: 50S ribosomal protein L31, chloroplastic
Aa: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic
Ab: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic
Ac: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic
Ad: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic
Ae: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic
Af: 50S ribosomal protein 6, chloroplastic
Aw: 50S ribosomal protein 5 alpha, chloroplastic
Ax: 5S ribosomal RNA
Az: Ribosome-recycling factor, chloroplastic
BA: 16S ribosomal RNA
BB: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic
BC: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic
BD: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic
BE: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic
BF: 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic
BG: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic
BH: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic
BI: 30S ribosomal protein S9, chloroplastic
BJ: 30S ribosomal protein S10 alpha, chloroplastic
BK: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic
BL: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic
BM: 30S ribosomal protein S13, chloroplastic
BN: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic
BO: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic
BP: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic
BQ: 30S ribosomal protein S17, chloroplastic
BR: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic
BS: 30S ribosomal protein S19, chloroplastic
BT: 30S ribosomal protein S20, chloroplastic
BU: 30S ribosomal protein S21, chloroplastic
BV: Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic
BW: 30S ribosomal protein S31, chloroplastic
BY: bS1c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,196,495402
ポリマ－2,188,02857
非ポリマー8,467345
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 AAABAxBA

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 911344.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 7636084
#2: RNA鎖 4.5S ribosomal RNA


分子量: 34334.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 12299
#32: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38072.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
#34: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 480386.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 7636084

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 ACADAEAFAGAHAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAWAXAYAZAaAbAcAdAeAfAw

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2, chloroplastic / Chloroplastic large ribosomal subunit protein uL2c / Ribosomal protein CS-L4


分子量: 26990.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06509
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3, chloroplastic / Chloroplastic large ribosomal subunit protein uL3c


分子量: 24117.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82191
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4, chloroplastic / R-protein L4 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein uL4c


分子量: 23802.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: O49937
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5, chloroplastic / Chloroplastic large ribosomal subunit protein uL5c


分子量: 23015.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82192
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6, chloroplastic / Chloroplastic large ribosomal subunit protein uL6c


分子量: 19132.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82193
#8: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L9, chloroplastic / CL9 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein bL9c


分子量: 5212.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82180
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L13, chloroplastic / CL13 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein uL13c


分子量: 22991.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12629
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L14, chloroplastic / Chloroplastic large ribosomal subunit protein uL14c / Ribosomal protein CS-L29


分子量: 13484.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09596
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L15, chloroplastic / CL15 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein uL15c


分子量: 20063.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P22798
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L16, chloroplastic / Chloroplastic large ribosomal subunit protein uL16c / Ribosomal protein CS-L24


分子量: 15271.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P17353
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L17, chloroplastic / CL17 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein bL17c


分子量: 13466.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82194
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L18, chloroplastic / CL18 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein uL18c


分子量: 13601.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82195
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L19, chloroplastic / CL19 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein bL19c


分子量: 13544.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82413
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L20, chloroplastic / Chloroplastic large ribosomal subunit protein bL20c


分子量: 14098.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28803
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L21, chloroplastic / CL21 / CS-L7 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein bL21c


分子量: 18752.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P24613
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L22, chloroplastic / Chloroplastic large ribosomal subunit protein uL22c / Ribosomal protein CS-L13


分子量: 19826.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09594
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L23, chloroplastic / Chloroplastic large ribosomal subunit protein uL23c / PRPL23


分子量: 10576.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9LWB5
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L24, chloroplastic / CL24 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein uL24c


分子量: 14487.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P27683
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L27, chloroplastic / CL27 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein bL27c


分子量: 12970.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82190
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L28, chloroplastic / CL28 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein bL28c


分子量: 8887.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82245
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L29, chloroplastic / CL29 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein uL29c


分子量: 11900.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82248
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L31, chloroplastic / CL31 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein bL31c


分子量: 7622.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82249
#25: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L32, chloroplastic / Chloroplastic large ribosomal subunit protein bL32c


分子量: 5604.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28804
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L33, chloroplastic / Chloroplastic large ribosomal subunit protein bL33c


分子量: 7021.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28805
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L34, chloroplastic / CL34 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein bL34c


分子量: 6789.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82244
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L35, chloroplastic / CL35 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein bL35c


分子量: 8388.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P23326
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36, chloroplastic / Chloroplastic large ribosomal subunit protein bL36c


分子量: 4414.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12230
#30: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein 6, chloroplastic / CL25 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein cL38 / Plastid-specific 50S ribosomal protein 6 / PSRP-6


分子量: 5316.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82411
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein 5 alpha, chloroplastic / 50S ribosomal protein L40 / CL40 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein cL37 / Plastid- ...50S ribosomal protein L40 / CL40 / Chloroplastic large ribosomal subunit protein cL37 / Plastid-specific 50S ribosomal protein 5 alpha / PSRP-5


分子量: 6093.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P27684

-
タンパク質 , 3種, 3分子 AzBVBY

#33: タンパク質 Ribosome-recycling factor, chloroplastic / RRF / CpFrr / RRFHCP / Ribosome-releasing factor / chloroplastic


分子量: 21643.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82231
#55: タンパク質 Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / 30S ribosomal protein 1 / CS-S5 / CS5 / Plastid-specific 30S ribosomal protein 1 / PSrp-1 / ...30S ribosomal protein 1 / CS-S5 / CS5 / Plastid-specific 30S ribosomal protein 1 / PSrp-1 / Ribosomal protein 1 / S22 / Translation factor pY


分子量: 11938.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P19954
#57: タンパク質 bS1c


分子量: 14485.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)

+
30S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 BBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBW

#35: タンパク質 30S ribosomal protein S2, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein uS2c


分子量: 24166.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P08242
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S3, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein uS3c


分子量: 24833.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09595
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein uS4c


分子量: 23323.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P13788
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S5, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein uS5c


分子量: 16990.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9ST69
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein bS6c


分子量: 12974.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82403
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S7, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein uS7c


分子量: 16804.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82129
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S8, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein uS8c


分子量: 15527.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09597
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S9, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein uS9c


分子量: 15479.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82278
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S10 alpha, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein uS10c


分子量: 11355.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82162
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein uS11c


分子量: 11844.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06506
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S12, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein uS12c


分子量: 13663.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P62128
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S13, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein uS13c


分子量: 13077.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82163
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S14, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein uS14c


分子量: 11728.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06507
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S15, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein uS15c


分子量: 8623.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9M3I4
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S16, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein bS16c


分子量: 9607.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28807
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S17, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein uS17c


分子量: 9686.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82137
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S18, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein bS18c


分子量: 6281.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9M3K7
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S19, chloroplastic / CS-S23 / Chloroplastic small ribosomal subunit protein uS19c


分子量: 9281.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06508
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S20, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein bS20c


分子量: 11668.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82130
#54: タンパク質 30S ribosomal protein S21, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein bS21c


分子量: 7353.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82024
#56: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S31, chloroplastic / Chloroplastic small ribosomal subunit protein bTHXc / Plastid-specific 30S ribosomal protein 4 / PSRP-4


分子量: 4104.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P47910

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非ポリマー , 2種, 345分子

#58: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#59: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chloroplast ribosome in complex with RRF / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#57 / 由来: NATURAL
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130300 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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