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- PDB-6el1: YaxAB pore complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6el1
タイトルYaxAB pore complex
要素
  • YaxA
  • YaxB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Pore-forming toxin / Pathogens / Two-component toxin
機能・相同性: / membrane => GO:0016020 / membrane / Uncharacterized protein / Membrane protein / Alpha-xenorhabdolysin family binary toxin subunit B
機能・相同性情報
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å
データ登録者Braeuning, B. / Bertosin, E. / Dietz, H. / Groll, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure and mechanism of the two-component α-helical pore-forming toxin YaxAB.
著者: Bastian Bräuning / Eva Bertosin / Florian Praetorius / Christian Ihling / Alexandra Schatt / Agnes Adler / Klaus Richter / Andrea Sinz / Hendrik Dietz / Michael Groll /
要旨: Pore-forming toxins (PFT) are virulence factors that transform from soluble to membrane-bound states. The Yersinia YaxAB system represents a family of binary α-PFTs with orthologues in human, ...Pore-forming toxins (PFT) are virulence factors that transform from soluble to membrane-bound states. The Yersinia YaxAB system represents a family of binary α-PFTs with orthologues in human, insect, and plant pathogens, with unknown structures. YaxAB was shown to be cytotoxic and likely involved in pathogenesis, though the molecular basis for its two-component lytic mechanism remains elusive. Here, we present crystal structures of YaxA and YaxB, together with a cryo-electron microscopy map of the YaxAB complex. Our structures reveal a pore predominantly composed of decamers of YaxA-YaxB heterodimers. Both subunits bear membrane-active moieties, but only YaxA is capable of binding to membranes by itself. YaxB can subsequently be recruited to membrane-associated YaxA and induced to present its lytic transmembrane helices. Pore formation can progress by further oligomerization of YaxA-YaxB dimers. Our results allow for a comparison between pore assemblies belonging to the wider ClyA-like family of α-PFTs, highlighting diverse pore architectures.
履歴
登録2017年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3885
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: YaxA
O: YaxB
A: YaxA
K: YaxB
B: YaxA
L: YaxB
C: YaxA
M: YaxB
D: YaxA
N: YaxB
F: YaxA
P: YaxB
G: YaxA
Q: YaxB
H: YaxA
R: YaxB
I: YaxA
S: YaxB
J: YaxA
T: YaxB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)851,26020
ポリマ－851,26020
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area78330 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area347530 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
YaxA


分子量: 45877.156 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: ERS137951_00706 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0T9S5R5, UniProt: A1JM51*PLUS
#2: タンパク質
YaxB


分子量: 39248.836 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: YE1985 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1JM52

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: YaxAB complex (10x YaxA + 10x YaxB) / タイプ: COMPLEX
詳細: Purified with Cymal-6 detergent and reconstituted in amphipol prior to Cryo-EM.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.85 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESHEPES1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample exchanged to amphibole A8-35 and run in final round of gel filtration (buffer: 20 mM HEPES pH 7.0, 100 mM NaCl) prior to Cryo-EM.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 20 K
詳細: 3 mM F-FOS Choline 8 just before vitrification blot for 3 to 4 s blot distance -2 to -1 mm

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION2.1粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化phenix.real_space_refine
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 178000
対称性点対称性: C10 (10回回転対称)
3次元再構成解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間
1OTHERREAL
2
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16EK7

6ek7

16EK71PDBexperimental model
16EK8

6ek8

26EK82PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00555050
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.93474080
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.92334430
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0498860
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0069410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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