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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cfz | ||||||
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タイトル | Structure of the DASH/Dam1 complex shows its role at the yeast kinetochore-microtubule interface | ||||||
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![]() | NUCLEAR PROTEIN / DASH / Dam1 complex / Ask1 / Dad1 / Dad2 / Dad3 / Dad4 / Dam1 / Duo1 / Hsk3 / Spc19 / Spc34 / kinetochore / kinetochore-microtubule interface / chromosome segregation / cell-division / point-centromere yeast | ||||||
機能・相同性 | ![]() DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / Ino80 complex / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle organization / chromosome segregation / spindle microtubule / mitotic spindle ...DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / Ino80 complex / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle organization / chromosome segregation / spindle microtubule / mitotic spindle / kinetochore / mitotic cell cycle / microtubule / cell division / regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | ||||||
![]() | Jenni, S. / Harrison, S.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the DASH/Dam1 complex shows its role at the yeast kinetochore-microtubule interface. 著者: Simon Jenni / Stephen C Harrison / ![]() 要旨: Kinetochores connect mitotic-spindle microtubules with chromosomes, allowing microtubule depolymerization to pull chromosomes apart during anaphase while resisting detachment as the microtubule ...Kinetochores connect mitotic-spindle microtubules with chromosomes, allowing microtubule depolymerization to pull chromosomes apart during anaphase while resisting detachment as the microtubule shortens. The heterodecameric DASH/Dam1 complex (DASH/Dam1c), an essential component of yeast kinetochores, assembles into a microtubule-encircling ring. The ring associates with rodlike Ndc80 complexes to organize the kinetochore-microtubule interface. We report the cryo-electron microscopy structure (at ~4.5-angstrom resolution) of a DASH/Dam1c ring and a molecular model of its ordered components, validated by evolutionary direct-coupling analysis. Integrating this structure with that of the Ndc80 complex and with published interaction data yields a molecular picture of kinetochore-microtubule attachment, including how flexible, C-terminal extensions of DASH/Dam1c subunits project and contact widely separated sites on the Ndc80 complex rod and how phosphorylation at previously identified sites might regulate kinetochore assembly. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 267 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 214.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1010.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1015 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 66.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 17
2 |
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3 | ![]()
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C17 (17回回転対称)) |
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要素
-タンパク質 , 10種, 10分子 ABCDEFGHIJ
#1: タンパク質 | 分子量: 8897.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 7599.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 10229.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 12907.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 8400.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 10684.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DASH/Dam1 complex subunit Dad1 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 6641.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 6314.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 17028.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 27443.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: DASH/Dam1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.115 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 2.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C |
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 89 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 30488 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.115 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2723 詳細: Movies collected: 50 frames with 1.115 e/A2 per frame |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 34997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34997 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 240 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: CC / 詳細: phenix.real_space_refine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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