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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c66 | |||||||||
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タイトル | CRISPR RNA-guided surveillance complex, pre-nicking | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / CRISPR-Cas / Cascade / Cas3 / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermobifida fusca (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å | |||||||||
データ登録者 | Xiao, Y. / Luo, M. / Liao, M. / Ke, A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structure basis for RNA-guided DNA degradation by Cascade and Cas3. 著者: Yibei Xiao / Min Luo / Adam E Dolan / Maofu Liao / Ailong Ke / 要旨: Type I CRISPR-Cas system features a sequential target-searching and degradation process on double-stranded DNA by the RNA-guided Cascade (CRISPR associated complex for antiviral defense) complex and ...Type I CRISPR-Cas system features a sequential target-searching and degradation process on double-stranded DNA by the RNA-guided Cascade (CRISPR associated complex for antiviral defense) complex and the nuclease-helicase fusion enzyme Cas3, respectively. Here, we present a 3.7-angstrom-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the Type I-E Cascade/R-loop/Cas3 complex, poised to initiate DNA degradation. Cas3 distinguishes Cascade conformations and only captures the R-loop-forming Cascade, to avoid cleaving partially complementary targets. Its nuclease domain recruits the nontarget strand (NTS) DNA at a bulged region for the nicking of single-stranded DNA. An additional 4.7-angstrom-resolution cryo-EM structure captures the postnicking state, in which the severed NTS retracts to the helicase entrance, to be threaded for adenosine 5'-triphosphate-dependent processive degradation. These snapshots form the basis for understanding RNA-guided DNA degradation in Type I-E CRISPR-Cas systems. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6c66.cif.gz | 805.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6c66.ent.gz | 650.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6c66.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/6c66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/6c66 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 3分子 GIK
#1: タンパク質 | 分子量: 104039.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) 株: YX / 遺伝子: Tfu_1593 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PJ0 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 27446.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) 株: YX / 遺伝子: Tfu_1591 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PJ2 |
-CRISPR-associated protein, ... , 4種, 9分子 ABCDEFHMO
#2: タンパク質 | 分子量: 61433.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) 株: YX / 遺伝子: Tfu_1592 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PJ1 | ||||
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#3: タンパク質 | 分子量: 41043.043 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) 株: YX / 遺伝子: Tfu_1590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PJ3 #7: タンパク質 | | 分子量: 28279.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) 株: YX / 遺伝子: Tfu_1589 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PJ4 #9: タンパク質 | | 分子量: 26327.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) 株: YX / 遺伝子: Tfu_1588 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PJ5 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 LN
#6: DNA鎖 | 分子量: 16801.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermobifida fusca (バクテリア) |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 17099.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermobifida fusca (バクテリア) |
-RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 3分子 J
#10: 化合物 | #5: RNA鎖 | | 分子量: 19790.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its pre-nicking state タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pcdf |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5 mM DTT |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 31000 X / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2700 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 最高温度: 105 K / 最低温度: 80 K |
撮影 | 電子線照射量: 8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 1428 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 322268 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51889 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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