PDB-6bze: Cryo-EM structure of BCL10 CARD filament

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bze

タイトル

Cryo-EM structure of BCL10 CARD filament

要素

B-cell lymphoma/leukemia 10

キーワード

SIGNALING PROTEIN / CARD / filament / signalosome / helical reconstruction

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of lymphotoxin A production / polkadots / CBM complex / antifungal innate immune response / protein kinase B binding / T cell apoptotic process / positive regulation of mast cell cytokine production / CARD domain binding / negative regulation of mature B cell apoptotic process / B cell apoptotic process ...positive regulation of lymphotoxin A production / polkadots / CBM complex / antifungal innate immune response / protein kinase B binding / T cell apoptotic process / positive regulation of mast cell cytokine production / CARD domain binding / negative regulation of mature B cell apoptotic process / B cell apoptotic process / programmed cell death / kinase activator activity / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / response to food / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / non-canonical NF-kappaB signal transduction / cytoplasmic microtubule / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / general transcription initiation factor binding / immunological synapse / NF-kappaB binding / immunoglobulin mediated immune response / canonical NF-kappaB signal transduction / cellular defense response / positive regulation of phosphorylation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / neural tube closure / positive regulation of interleukin-8 production / Activation of NF-kappaB in B cells / protein homooligomerization / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / cellular response to mechanical stimulus / : / positive regulation of interleukin-6 production / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / adaptive immune response / protease binding / transcription coactivator activity / lysosome / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å

データ登録者

David, L. / Li, Y. / Ma, J. / Garner, E. / Zhang, X. / Wu, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Assembly mechanism of the CARMA1-BCL10-MALT1-TRAF6 signalosome.
著者: Liron David / Yang Li / Jun Ma / Ethan Garner / Xinzheng Zhang / Hao Wu /

要旨: The CARMA1-BCL10-MALT1 (CBM) signalosome is a central mediator of T cell receptor and B cell receptor-induced NF-κB signaling that regulates multiple lymphocyte functions. While caspase-recruitment ...

履歴

登録	2017年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-7314 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-7314 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bze.cif.gz	379.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bze.ent.gz	318.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bze.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6bze_validation.pdf.gz	1018.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bze_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6bze_validation.xml.gz	42.1 KB	表示
CIF形式データ	6bze_validation.cif.gz	59.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/6bze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/6bze	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7314MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sq1-d 3cfp-d 2hwg-d 4j2d-d 3gyg-d 4khn-2 4cat-d 1d5f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (4) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (4) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (4) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: B-cell lymphoma/leukemia 10

B: B-cell lymphoma/leukemia 10

C: B-cell lymphoma/leukemia 10

D: B-cell lymphoma/leukemia 10

E: B-cell lymphoma/leukemia 10

F: B-cell lymphoma/leukemia 10

G: B-cell lymphoma/leukemia 10

H: B-cell lymphoma/leukemia 10

101 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: microscopy, gel filtration

#1: タンパク質	B-cell lymphoma/leukemia 10 / B-cell CLL/lymphoma 10 / Bcl-10 / CARD-containing molecule enhancing NF-kappa-B / CARD-like ...B-cell CLL/lymphoma 10 / Bcl-10 / CARD-containing molecule enhancing NF-kappa-B / CARD-like apoptotic protein / hCLAP / CED-3/ICH-1 prodomain homologous E10-like regulator / CIPER / Cellular homolog of vCARMEN / cCARMEN / Cellular-E10 / c-E10 / Mammalian CARD-containing adapter molecule E10 / mE10 分子量: 12614.566 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL10, CIPER, CLAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95999

#1: タンパク質

B-cell lymphoma/leukemia 10 / B-cell CLL/lymphoma 10 / Bcl-10 / CARD-containing molecule enhancing NF-kappa-B / CARD-like ...

分子量: 12614.566 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL10, CIPER, CLAP / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95999

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: BCL10 CARD / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	20 mM	Tris	C₄H₁₁NO₃	1
2	150 mM	Sodium Chloride	NaCl	1
3	1 mM	TCEP	C₉H₁₅O₆P	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K / 詳細: 5 second blotting time with force 3

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 6000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 339

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ	詳細
1	EMAN2	粒子像選択	EMAN2 e2helixboxer was used to select filament segments
2	Leginon	画像取得
4	RELION	CTF補正	CTFFIND4
7	PHENIX	モデルフィッティング
9	PHENIX	モデル精密化	Phenix refine
10	IHRSR	初期オイラー角割当
12	RELION	分類
13	PHENIX	３次元再構成	phenix refine

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -100.8 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5 Å / らせん対称軸の対称性: C1

粒子像の選択

選択した粒子像数: 103873

3次元再構成

解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39992 / 対称性のタイプ: HELICAL

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT

原子モデル構築

PDB-ID: 2MB9

2mb9

PDB chain-ID: A / Accession code: 2MB9 / Pdb chain residue range: 10-115 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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関連情報:EMDBヘッダ

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