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万見
- PDB-6b8h: Mosaic model of yeast mitochondrial ATP synthase monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b8h
タイトルMosaic model of yeast mitochondrial ATP synthase monomer
要素
  • (ATP synthase ...) x 16
  • AATP synthase subunit g
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Complex / Proton transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / : / : / : / : / mitochondrial nucleoid ...: / : / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / : / : / : / : / mitochondrial nucleoid / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton transmembrane transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / mitochondrial intermembrane space / ADP binding / protein-containing complex assembly / mitochondrial inner membrane / lipid binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP synthase subunit K / ATP synthase subunit K / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / Atp Synthase Epsilon Chain; Chain: I; / ATP synthase, F0 complex, subunit J / ATP synthase protein 8, fungal type / ATP synthase, F0 complex, subunit F, mitochondria, fungi / ATP synthase j chain / Fungal ATP synthase protein 8 (A6L) ...ATP synthase subunit K / ATP synthase subunit K / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / Atp Synthase Epsilon Chain; Chain: I; / ATP synthase, F0 complex, subunit J / ATP synthase protein 8, fungal type / ATP synthase, F0 complex, subunit F, mitochondria, fungi / ATP synthase j chain / Fungal ATP synthase protein 8 (A6L) / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F of fungi / : / Fungal epsilon subunit of F1F0-ATP synthase C-terminal domain / ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain / F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / Lysin / Thrombin, subunit H - #170 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / ATP synthase, F0 complex, subunit B/MI25 / ATP synthase, F0 complex, subunit B / Mitochondrial ATP synthase B chain precursor (ATP-synt_B) / ATP synthase, F0 complex, subunit D, mitochondrial / ATP synthase D chain, mitochondrial (ATP5H) / ATP synthase, F0 complex, subunit D superfamily, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATPase, OSCP/delta subunit, conserved site / ATP synthase delta (OSCP) subunit signature. / F1F0 ATP synthase OSCP/delta subunit, N-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / ATPase, OSCP/delta subunit / ATP synthase delta (OSCP) subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Helix Hairpins / Thrombin, subunit H / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP synthase catalytic sector F1 epsilon subunit / ATP synthase subunit beta, mitochondrial / ATP synthase subunit a / ATP synthase protein 8 / ATP synthase subunit 4, mitochondrial / ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / ATP synthase subunit 5, mitochondrial / ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP synthase subunit gamma, mitochondrial ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP synthase catalytic sector F1 epsilon subunit / ATP synthase subunit beta, mitochondrial / ATP synthase subunit a / ATP synthase protein 8 / ATP synthase subunit 4, mitochondrial / ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / ATP synthase subunit 5, mitochondrial / ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / ATP synthase subunit 9, mitochondrial / ATP synthase subunit J, mitochondrial / ATP synthase subunit K, mitochondrial / ATP synthase subunit f, mitochondrial / ATP synthase subunit delta, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Guo, H. / Bueler, S.A. / Rubinstein, J.L.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Atomic model for the dimeric F region of mitochondrial ATP synthase.
著者: Hui Guo / Stephanie A Bueler / John L Rubinstein /
要旨: Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces the majority of ATP in eukaryotic cells, and its dimerization is necessary to create the inner membrane folds, or cristae, characteristic ...Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces the majority of ATP in eukaryotic cells, and its dimerization is necessary to create the inner membrane folds, or cristae, characteristic of mitochondria. Proton translocation through the membrane-embedded F region turns the rotor that drives ATP synthesis in the soluble F region. Although crystal structures of the F region have illustrated how this rotation leads to ATP synthesis, understanding how proton translocation produces the rotation has been impeded by the lack of an experimental atomic model for the F region. Using cryo-electron microscopy, we determined the structure of the dimeric F complex from at a resolution of 3.6 angstroms. The structure clarifies how the protons travel through the complex, how the complex dimerizes, and how the dimers bend the membrane to produce cristae.
履歴
登録2017年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7067
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
2: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
3: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
4: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
5: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
6: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
7: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
8: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
9: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
0: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
A: ATP synthase protein 8
a: ATP synthase subunit a
b: ATP synthase subunit 4, mitochondrial
d: ATP synthase subunit d, mitochondrial
e: ATP synthase subunit e, mitochondrial
f: ATP synthase subunit f, mitochondrial
g: AATP synthase subunit g
i: ATP synthase subunit J, mitochondrial
k: ATP synthase subunit K, mitochondrial
K: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
B: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
C: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
D: ATP synthase subunit beta, mitochondrial
E: ATP synthase subunit beta, mitochondrial
F: ATP synthase subunit beta, mitochondrial
G: ATP synthase subunit gamma, mitochondrial
H: ATP synthase subunit delta, mitochondrial
I: ATP synthase catalytic sector F1 epsilon subunit
O: ATP synthase subunit 5, mitochondrial
h: ATP synthase subunit h
L: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
M: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
N: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
P: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
Q: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
R: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
S: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
T: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
U: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
J: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
V: ATP synthase protein 8
p: ATP synthase subunit a
q: ATP synthase subunit 4, mitochondrial
r: ATP synthase subunit d, mitochondrial
s: ATP synthase subunit e, mitochondrial
t: ATP synthase subunit f, mitochondrial
u: AATP synthase subunit g
w: ATP synthase subunit J, mitochondrial
x: ATP synthase subunit K, mitochondrial
n: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
W: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
X: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
Y: ATP synthase subunit beta, mitochondrial
Z: ATP synthase subunit beta, mitochondrial
c: ATP synthase subunit beta, mitochondrial
j: ATP synthase subunit gamma, mitochondrial
l: ATP synthase subunit delta, mitochondrial
m: ATP synthase catalytic sector F1 epsilon subunit
o: ATP synthase subunit 5, mitochondrial
v: ATP synthase subunit h
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,176,19580
ポリマ－1,170,89060
非ポリマー5,30520
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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ATP synthase ... , 16種, 58分子 1234567890LMNPQRSTUJAVapbqdres...

#1: タンパク質
ATP synthase subunit 9, mitochondrial / Lipid-binding protein / Oligomycin resistance protein 1


分子量: 7762.375 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P61829
#2: タンパク質・ペプチド ATP synthase protein 8 / A6L / ATP-associated protein 1 / F-ATPase subunit 8


分子量: 5825.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00856
#3: タンパク質 ATP synthase subunit a / F-ATPase protein 6


分子量: 27900.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00854
#4: タンパク質 ATP synthase subunit 4, mitochondrial


分子量: 23194.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05626
#5: タンパク質 ATP synthase subunit d, mitochondrial


分子量: 19709.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30902
#6: タンパク質・ペプチド ATP synthase subunit e, mitochondrial


分子量: 4188.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
#7: タンパク質 ATP synthase subunit f, mitochondrial


分子量: 10584.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06405
#9: タンパク質 ATP synthase subunit J, mitochondrial / ATPase synthase I subunit


分子量: 6696.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P81450
#10: タンパク質 ATP synthase subunit K, mitochondrial


分子量: 7546.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P81451
#11: タンパク質
ATP synthase subunit alpha, mitochondrial


分子量: 55007.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07251
#12: タンパク質
ATP synthase subunit beta, mitochondrial


分子量: 51181.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00830, H+-transporting two-sector ATPase
#13: タンパク質 ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / F-ATPase gamma subunit


分子量: 30657.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38077
#14: タンパク質 ATP synthase subunit delta, mitochondrial / F-ATPase delta subunit


分子量: 14565.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12165
#15: タンパク質 ATP synthase catalytic sector F1 epsilon subunit


分子量: 6642.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: E9P9X4
#16: タンパク質 ATP synthase subunit 5, mitochondrial / ATP synthase chain 5 / Oligomycin sensitivity conferral protein / OSCP


分子量: 20901.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P09457
#17: タンパク質・ペプチド ATP synthase subunit h


分子量: 1805.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c

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タンパク質 , 1種, 2分子 gu

#8: タンパク質 AATP synthase subunit g


分子量: 9039.134 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c

-
非ポリマー , 2種, 20分子

#18: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#19: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mosaic model of the dimeric F1FO yeast mitochondrial ATP synthase
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.6 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303-1A
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 71 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 238848 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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