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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b6h | ||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of a bacterial class I transcription activation complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/TRANSFERASE/DNA/RNA / transcription / RNA polymerase / catabolite activator protein / cAMP / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor antagonist complex / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / cAMP binding / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase ...sigma factor antagonist complex / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / cAMP binding / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) Escherichia coli O45:K1 (大腸菌) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, B. / Hong, C. / Huang, R. / Yu, Z. / Steitz, T.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Structural basis of bacterial transcription activation. 著者: Bin Liu / Chuan Hong / Rick K Huang / Zhiheng Yu / Thomas A Steitz / 要旨: In bacteria, the activation of gene transcription at many promoters is simple and only involves a single activator. The cyclic adenosine 3',5'-monophosphate receptor protein (CAP), a classic ...In bacteria, the activation of gene transcription at many promoters is simple and only involves a single activator. The cyclic adenosine 3',5'-monophosphate receptor protein (CAP), a classic activator, is able to activate transcription independently through two different mechanisms. Understanding the class I mechanism requires an intact transcription activation complex (TAC) structure at a high resolution. Here we report a high-resolution cryo-electron microscopy structure of an intact class I TAC containing a CAP dimer, a σ-RNA polymerase (RNAP) holoenzyme, a complete class I CAP-dependent promoter DNA, and a de novo synthesized RNA oligonucleotide. The structure shows how CAP wraps the upstream DNA and how the interactions recruit RNAP. Our study provides a structural basis for understanding how activators activate transcription through the class I recruitment mechanism. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b6h.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b6h.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6b6h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6b6h_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6b6h_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6b6h_validation.xml.gz | 112.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6b6h_validation.cif.gz | 177.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/6b6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/6b6h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 5種, 6分子 ABCDEI
#1: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, Z4665, ECs4160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z6, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC) (大腸菌) 株: S88 / ExPEC / 遺伝子: rpoB, ECS88_4448 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIX3, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, Z5561, ECs4911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T8, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O45:K1 (大腸菌) / 株: S88 / ExPEC / 遺伝子: rpoZ, ECS88_4064 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MFL0, DNA-directed RNA polymerase #7: タンパク質 | | 分子量: 8346.699 Da / 分子数: 1 Fragment: Alpha C-terminal domain (alpha-CTD) residues 250-324 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, Z4665, ECs4160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z6, DNA-directed RNA polymerase |
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-タンパク質 , 2種, 3分子 FGH
#5: タンパク質 | 分子量: 72206.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00579 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 23672.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: crp, Z4718, ECs4208 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACK0 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 12
#8: DNA鎖 | 分子量: 27133.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
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#9: DNA鎖 | 分子量: 27217.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 3
#10: RNA鎖 | 分子量: 1134.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
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-非ポリマー , 3種, 5分子
#11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-MG / | #13: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The complex of class-I bacterial transcription activation complex タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT 詳細: A CAP dimer, a sigma70-RNA polymerase holoenzyme, an intact CAP-dependent promoter DNA, and a de novo synthesized RNA oligonucleotide Entity ID: #1-#10 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.59 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 0.1mM EDTA, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 3 second blotting |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Cs corrector |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 倍率(補正後): 37037 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / Calibrated defocus min: 1200 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2600 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: OTHER |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K / Residual tilt: 15 mradians |
撮影 | 平均露光時間: 0.25 sec. / 電子線照射量: 1.37 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2382 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 7676 / 縦: 7420 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 835000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient |