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万見
- PDB-6zpr: Solution structure of MLKL executioner domain in complex with a c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zpr
タイトルSolution structure of MLKL executioner domain in complex with a covalent inhibitor
要素Mixed lineage kinase domain-like protein,Mixed lineage kinase domain-like protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Necroptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / TRP channels / RIPK1-mediated regulated necrosis / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / cell junction / defense response to virus ...execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / TRP channels / RIPK1-mediated regulated necrosis / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / cell junction / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QOK / Mixed lineage kinase domain-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Ruebbelke, M. / Bauer, M. / Hamilton, J. / Binder, F. / Nar, H. / Zeeb, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Locking mixed-lineage kinase domain-like protein in its auto-inhibited state prevents necroptosis.
著者: Rubbelke, M. / Fiegen, D. / Bauer, M. / Binder, F. / Hamilton, J. / King, J. / Thamm, S. / Nar, H. / Zeeb, M.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mixed lineage kinase domain-like protein,Mixed lineage kinase domain-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4532
ポリマ－18,1851
非ポリマー2681
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Mixed lineage kinase domain-like protein,Mixed lineage kinase domain-like protein / hMLKL


分子量: 18184.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LIG = Cys86 covalently labelled with compound,LIG = Cys86 covalently labelled with compound
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NB16
#2: 化合物 ChemComp-QOK / 7-(2-methoxyethoxymethyl)-1,3-dimethyl-purine-2,6-dione


分子量: 268.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N4O4
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic23D HN(CA)CB
1141isotropic23D CBCA(CO)NH
131isotropic23D HNccH TOCSY
141isotropic23D HNCC TOCSY
151isotropic13D 1H-15N NOESY
262isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
272isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
282isotropic13D (H)CCH-TOCSY
292isotropic13D (H)CCH-TOCSY
2102isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
2112isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
2122isotropic13D filt. 1H-13C NOESY aliphatic
2132isotropic13D filt. 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1340 uM [U-13C; U-15N] MLKL, 1200 uM Compound, 93% H2O/7% D2OH2O sample93% H2O/7% D2O
solution2385 uM [U-13C; U-15N] MLKL, 840 uM Compound, 100% D2OD2O sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
340 uMMLKL[U-13C; U-15N]1
1200 uMCompoundnatural abundance1
385 uMMLKL[U-13C; U-15N]2
840 uMCompoundnatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride Not definedH2O sample7.5 1 atm298 K
220 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride Not definedD2O sample7.1 1 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.9Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNpeak picking
TopSpin3.6Bruker Biospincollection
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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