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- PDB-6zfc: Fucose-binding lectin from Burkholderia ambifaria (BamBL) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zfc
タイトルFucose-binding lectin from Burkholderia ambifaria (BamBL) in complex with a fucosyl derivative
要素bacterial lectin from Burkholderia ambifaria
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / fucose-binding lectin / glycomimetics
機能・相同性Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / Chem-QJB / Fucose-binding lectin protein
機能・相同性情報
生物種Burkholderia ambifaria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Kuhaudomlarp, S. / Gillon, E. / Fragai, M. / Cerofolini, L. / Giuntini, S. / Denis, M. / Santarsia, S. / Valori, C. / Dondoni, A. / Fallarini, S. ...Kuhaudomlarp, S. / Gillon, E. / Fragai, M. / Cerofolini, L. / Giuntini, S. / Denis, M. / Santarsia, S. / Valori, C. / Dondoni, A. / Fallarini, S. / Lombardi, G. / Nativi, C. / Imberty, A.
資金援助 フランス, イタリア, 5件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-AAPG-2017 フランス
French National Research AgencyANR-15-IDEX02 フランス
French National Research AgencyANR-17-EURE-0003 フランス
Italian Ministry of EducationPRIN 2015 イタリア
Italian Ministry of EducationProgetto Dipartimenti di Eccellenza 2018-2022 イタリア
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Fucosylated ubiquitin and orthogonally glycosylated mutant A28C: conceptually new ligands for Burkholderia ambifaria lectin (BambL).
著者: Kuhaudomlarp, S. / Cerofolini, L. / Santarsia, S. / Gillon, E. / Fallarini, S. / Lombardi, G. / Denis, M. / Giuntini, S. / Valori, C. / Fragai, M. / Imberty, A. / Dondoni, A. / Nativi, C.
履歴
登録2020年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: bacterial lectin from Burkholderia ambifaria
B: bacterial lectin from Burkholderia ambifaria
C: bacterial lectin from Burkholderia ambifaria
D: bacterial lectin from Burkholderia ambifaria
E: bacterial lectin from Burkholderia ambifaria
F: bacterial lectin from Burkholderia ambifaria
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,75618
ポリマ－56,3236
非ポリマー4,43312
水7,728429
1
A: bacterial lectin from Burkholderia ambifaria
B: bacterial lectin from Burkholderia ambifaria
C: bacterial lectin from Burkholderia ambifaria
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3789
ポリマ－28,1613
非ポリマー2,2176
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11480 Å2
手法PISA
2
D: bacterial lectin from Burkholderia ambifaria
E: bacterial lectin from Burkholderia ambifaria
F: bacterial lectin from Burkholderia ambifaria
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3789
ポリマ－28,1613
非ポリマー2,2176
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.092, 49.163, 115.098
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質
bacterial lectin from Burkholderia ambifaria


分子量: 9387.166 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria (strain ATCC BAA-244 / AMMD) (バクテリア)
遺伝子: Bamb_5415 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0B4G1
#2: 化合物
ChemComp-QJB / 2-[(2~{S},3~{S},4~{R},4~{a}~{S},10~{a}~{S})-2-methyl-3,4-bis(oxidanyl)-3,4,4~{a},10~{a}-tetrahydro-2~{H}-pyrano[2,3-b][1,4]benzoxathiin-7-yl]-~{N}-(3-oxidanylpropyl)ethanamide


分子量: 369.433 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23NO6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200 mM trisodium citrate, 100 mM sodium acetate pH 5.0 and 24% PEG 8000, 1% DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→45.25 Å / Num. obs: 72307 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.65-1.687.11.262470734940.6270.5091.361.596.5
9.04-45.216.50.03431534880.9990.0140.03733.899.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZW0

3zw0


解像度: 1.65→45.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.113 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.0917 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2085 3534 4.9 %RANDOM
Rwork0.1767 ---
obs0.1782 68772 98.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.13 Å2 / Biso mean: 22.618 Å2 / Biso min: 13.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å2-0.49 Å2
2---1.27 Å2-0 Å2
3---1.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→45.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3962 0 262 435 4659
Biso mean--26.44 31.28 -
残基数----522
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0124429
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0183559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6871.6586100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4951.5758229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1525532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.7721.349215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.95915533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.9861524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021066
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 295 -
Rwork0.316 4890 -
all-5185 -
obs--96.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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