PDB-6yyq: Structure of Cathepsin S in complex with Compound 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yyq

タイトル

Structure of Cathepsin S in complex with Compound 3

要素

Cathepsin S

キーワード

HYDROLASE / Cathepsin S / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

cathepsin S / regulation of antigen processing and presentation / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Wagener, M. / Schade, M. / Merla, B. / Hars, U. / Kueckelhaus, S.Q.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Highly Selective Sub-Nanomolar Cathepsin S Inhibitors by Merging Fragment Binders with Nitrile Inhibitors.
著者: Schade, M. / Merla, B. / Lesch, B. / Wagener, M. / Timmermanns, S. / Pletinckx, K. / Hertrampf, T.

履歴

登録	2020年5月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yyq.cif.gz	346.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yyq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yyq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yyq_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yyq_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6yyq_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	6yyq_validation.cif.gz	49.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/6yyq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/6yyq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yynC 6yyoC 6yypC 6yyrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yyq-2 6yyp-d 4q82-d 3fsh-d 6uhr-d 5xj8-d 1zag-1 6wmb-d 1su3-2 1zag-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (13) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (2)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (13)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
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ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
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カスパーゼ (Caspases)
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ペプシン (Pepsin)
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類似性 (1)
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#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#64 - 2005年4月
キネシン (Kinesin)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Cathepsin S

BBB: Cathepsin S

CCC: Cathepsin S

DDD: Cathepsin S

ヘテロ分子

101 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Cathepsin S

DDD: Cathepsin S

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Cathepsin S

CCC: Cathepsin S

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.765, 92.765, 182.893
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains AAA BBB
2	2	Chains AAA CCC
3	3	Chains AAA DDD
4	4	Chains BBB CCC
5	5	Chains BBB DDD
6	6	Chains CCC DDD

NCSアンサンブル:

ID	詳細
6	Chains CCC DDD
1	Chains AAA BBB
2	Chains AAA CCC
3	Chains AAA DDD
4	Chains BBB CCC
5	Chains BBB DDD

#1: タンパク質	Cathepsin S 分子量: 25106.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25774, cathepsin S
#2: 化合物	ChemComp-Q1Q / (6~{R})-2-phenyl-5,6,7,8-tetrahydroquinazolin-6-amine 分子量: 225.289 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₅N₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 0.2 M potassium formate pH 7.3, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.51→28.82 Å / Num. obs: 31846 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.51→2.65 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4567 / CC_1/2: 0.913 / R_pim(I) all: 0.232 / R_rim(I) all: 0.623 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: unpublished isomorphous structure

解像度: 2.51→28.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 33.681 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.145 / ESU R Free: 0.349 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2802	1599	5.028 %
R_work	0.2098	-	-
all	0.213	-	-
obs	-	31800	99.743 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.379 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.776 Å²	0.888 Å²	-0 Å²
2-	-	1.776 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.762 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→28.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6892	0	51	201	7144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	7158
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6255
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.546	1.65	9692
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.286	1.591	14573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.031	5	884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.737	23.094	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.151	15	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.41	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	6045
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	3488
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	3199
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	213
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.11	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.288	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.245	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.254	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.109	4.027	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.105	4.027	3538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.32	6.035	4414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.321	6.035	4415
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.999	4.269	3619
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.999	4.27	3620
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.274	6.322	5276
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.274	6.323	5277
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.523	47.475	8195
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.513	47.389	8180
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.069	0.05	7118
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.07	0.05	7121
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.099	0.05	6955
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.064	0.05	7128
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.103	0.05	6882
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.104	0.05	7013

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.51-2.575	0.329	112	0.314	2173	X-RAY DIFFRACTION	99.8689
2.575-2.645	0.382	108	0.311	2137	X-RAY DIFFRACTION	99.8221
2.645-2.721	0.323	113	0.284	2072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.721-2.804	0.321	106	0.278	2024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.804-2.895	0.312	120	0.254	1945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.895-2.996	0.38	103	0.253	1907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.996-3.107	0.323	84	0.234	1842	X-RAY DIFFRACTION	99.8963
3.107-3.233	0.279	105	0.23	1740	X-RAY DIFFRACTION	99.9458
3.233-3.375	0.303	93	0.223	1691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.375-3.537	0.291	91	0.232	1643	X-RAY DIFFRACTION	99.7699
3.537-3.726	0.31	88	0.233	1557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.726-3.948	0.274	66	0.215	1472	X-RAY DIFFRACTION	99.676
3.948-4.215	0.266	69	0.204	1412	X-RAY DIFFRACTION	99.5296
4.215-4.546	0.249	62	0.179	1294	X-RAY DIFFRACTION	99.1228
4.546-4.968	0.2	62	0.171	1206	X-RAY DIFFRACTION	99.764
4.968-5.535	0.204	52	0.181	1122	X-RAY DIFFRACTION	99.8299
5.535-6.356	0.312	58	0.187	970	X-RAY DIFFRACTION	99.6124
6.356-7.698	0.287	51	0.166	856	X-RAY DIFFRACTION	99.8899
7.698-10.544	0.228	37	0.15	688	X-RAY DIFFRACTION	99.8623
10.544-28.82	0.291	19	0.19	450	X-RAY DIFFRACTION	98.9451

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8331	-0.3119	-1.1506	2.5957	-0.3777	4.296	0.108	-0.0468	0.113	-0.3215	0.0564	0.1147	-0.5851	-0.3144	-0.1644	0.4734	0.2013	-0.0195	0.4098	-0.0294	0.0172	9.0947	36.3422	-11.1054
2	3.7923	-2.2304	-0.1907	5.5923	1.8293	5.2177	-0.1215	0.0803	-0.0075	0.049	0.1451	-0.0395	0.4431	-0.0867	-0.0236	0.2237	-0.0178	0.0418	0.3355	-0.0429	0.0575	13.9172	33.9048	-51.5054
3	6.9896	-1.9285	-2.0115	3.317	0.858	5.3769	0.0075	-0.0457	-0.293	-0.0471	-0.1067	0.1827	0.0264	-0.1587	0.0993	0.1512	0.04	-0.0302	0.2933	0.0288	0.1172	-11.9547	56.074	-37.6238
4	1.9194	0.0274	0.225	6.5227	1.9091	3.4784	-0.0157	0.2449	-0.2368	-0.457	-0.2962	0.7529	-0.1378	-0.4115	0.3119	0.3987	0.0969	-0.0311	0.3921	-0.1024	0.3464	16.4429	3.6177	-25.9083

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	0 - 2001
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	0 - 2001
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	0 - 2001
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	0 - 221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)