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- PDB-6ywa: Human REF STING in complex with 3',3'-c-[2'FdAMP-2'FdAM(PS)] -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ywa
タイトルHuman REF STING in complex with 3',3'-c-[2'FdAMP-2'FdAM(PS)]
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードPROTEIN BINDING / Innate immune system / CDN / agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / proton channel activity ...STING complex / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / STING mediated induction of host immune responses / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / proton channel activity / reticulophagy / cGAS/STING signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / protein complex oligomerization / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / cellular response to interferon-beta / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of type I interferon production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / signaling adaptor activity / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / autophagosome / secretory granule membrane / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / cytoplasmic vesicle membrane / antiviral innate immune response / protein serine/threonine kinase binding / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / peroxisome / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / transcription coactivator activity / endosome / cilium / ciliary basal body / Golgi membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / STING transmembrane domain / : / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
3',3'-c-[2'FdAMP-2'FdAM(PS)] / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.311 Å
データ登録者Boura, E. / Smola, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human REF STING in complex with 3',3'-c-[2'FdAMP-2'FdAM(PS)]
著者: Boura, E. / Smola, M.
履歴
登録2020年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
B: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1134
ポリマ－46,3402
非ポリマー7732
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.959, 94.244, 116.826
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-664-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Transmembrane protein 173


分子量: 23170.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING1, ERIS, MITA, TMEM173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PWB / 3',3'-c-[2'FdAMP-2'FdAM(PS)] / 9-[(1~{R},6~{R},8~{R},9~{R},10~{R},12~{R},15~{R},17~{R},18~{R})-17-(6-aminopurin-9-yl)-9,18-bis(fluoranyl)-3-oxidanyl-3,12-bis(oxidanylidene)-12-sulfanyl-2,4,7,11,13,16-hexaoxa-3$l^{5},12$l^{5}-diphosphatricyclo[13.3.0.0^{6,10}]octadecan-8-yl]purin-6-amine


分子量: 680.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24F2N10O9P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Citric acid pH 5.0, 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.311→35.96 Å / Num. obs: 18010 / % possible obs: 99.27 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1162 / Rpim(I) all: 0.05907 / Rrim(I) all: 0.1308 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.311→2.394 Å / Rmerge(I) obs: 0.5183 / Num. unique obs: 1751 / CC1/2: 0.799 / Rpim(I) all: 0.2677 / Rrim(I) all: 0.5846 / Χ2: 2.75

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KSY

4ksy


解像度: 2.311→35.959 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2438 901 5 %
Rwork0.1938 --
obs0.1963 18005 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 174.33 Å2 / Biso mean: 45.4853 Å2 / Biso min: 11.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.311→35.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2863 0 148 129 3140
Biso mean--36.32 42.19 -
残基数----364
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3113-2.45610.27551470.2208277799
2.4561-2.64570.25611470.21492822100
2.6457-2.91180.28891490.22122821100
2.9118-3.33290.2521510.19432858100
3.3329-4.19810.22081510.1709286599
4.1981-35.90.23141560.1904296197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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