PDB-6yvw: HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/ EGLN1) in complex with monocyclic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yvw

タイトル

HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2/ EGLN1) in complex with monocyclic BB-328

要素

Egl nine homolog 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NON-HEME DIOXYGENASE / IRON / 2-OXOGLUTARATE / HYPOXIA-INDUCIBLE FACTOR / HIF / HIF PROLYL HYDROXYLASE DOMAIN 2 / PHD2 / EGLN1 / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / HELIX-LOOP-HELIX-BETA / DSBH / FACIAL TRIAD / CYTOPLASM / TRANSCRIPTION/EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / UBL CONJUGATION / POLYMORPHISM / VITAMIN C / ZINC-FINGER / FAMILIAL ERYTHROCYTOSIS / BREAST CANCER / TRANSCRIPTION COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase activity / hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline 4-dioxygenase activity / peptidyl-proline dioxygenase activity / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / negative regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation protein catabolic process at postsynapse / intracellular oxygen homeostasis / labyrinthine layer development / cardiac muscle tissue morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Chowdhury, R. / Banerji, B. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Use of cyclic peptides to induce crystallization: case study with prolyl hydroxylase domain 2.
著者: Chowdhury, R. / Abboud, M.I. / McAllister, T.E. / Banerji, B. / Bhushan, B. / Sorensen, J.L. / Kawamura, A. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2020年4月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yvw.cif.gz	148.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yvw.ent.gz	117.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yvw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6yvw_validation.pdf.gz	739.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yvw_full_validation.pdf.gz	742.7 KB	表示
XML形式データ	6yvw_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	6yvw_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/6yvw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/6yvw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6yvxC 6yvzC 6yw0C 6yw1C 6yw2C 6yw3C 6yw4C 2g19S 4bqw 4bqx 4bqy 5a3u S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ox5-d 6yw0-d 2hbt-d 5lbc-d 5lb6-d 5lat-d 6yvz-d 2z43-1 6yvx-d 5lbb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Egl nine homolog 1

ヘテロ分子

28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.175, 110.175, 39.791
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Egl nine homolog 1 / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing ...Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 2 / HPH-2 / Prolyl hydroxylase domain-containing protein 2 / PHD2 / SM-20 分子量: 28096.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 181-426) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGLN1, C1orf12, PNAS-118, PNAS-137 / プラスミド: PET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9GZT9, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-PW5 / 4-[(5-bromanyl-4,6-dimethyl-pyridin-2-yl)amino]-4-oxidanylidene-butanoic acid 分子量: 301.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃BrN₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Sample: (20 mg/ml PHD2 + 1 mM FeSO4 + 2 mM compound); Reservoir: 1.6-2.0 M (NH4)2SO4, 2-8% dioxane, 0.1 M MES-Na pH 6.5, and 1 mM FeSO4; Hanging drop (2 ul), protein-to-well ratio, 1:1, 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月25日 / 詳細: VARIMAX HF

放射

モノクロメーター: CONFOCAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 19800 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 36 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 1.254 / Net I/σ(I): 18.77

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	Χ²	% possible all
1.97-2	7.2	0.915	2.38	968	1.666	99.6
2-2.04	7.3	0.843		966	1.569	100
2.04-2.08	7.4	0.824		989	1.573	100
2.08-2.12	7.6	0.843		993	1.513	99.7
2.12-2.17	7.8	0.868		978	1.572	100
2.17-2.22	7.8	0.785		993	1.465	99.9
2.22-2.27	7.9	0.553		962	1.333	100
2.27-2.34	7.7	0.542		994	1.36	100
2.34-2.4	7.8	0.51		972	1.354	99.9
2.4-2.48	7.6	0.446		998	1.269	100
2.48-2.57	7.7	0.355		973	1.154	100
2.57-2.67	7.8	0.287		999	1.111	99.8
2.67-2.8	8	0.201		989	0.934	100
2.8-2.94	8.3	0.128		994	0.989	100
2.94-3.13	8.3	0.099		992	0.966	100
3.13-3.37	8.2	0.079		995	1.213	100
3.37-3.71	8.1	0.063		993	1.128	99.9
3.71-4.24	7.9	0.05		1015	0.981	99.9
4.24-5.35	8.1	0.044		1005	1.046	100
5.35-50	7.7	0.041		1032	1.085	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2G19

2g19

解像度: 1.97→18.448 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2081	1001	5.09 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.1881	19658	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 50.8 Å² / k_sol: 0.37 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 139 Å² / B_iso mean: 59.1114 Å² / B_iso min: 26.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.97→18.448 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1727	0	44	122	1893
B_iso mean	-	-	83.18	54.43	-
残基数	-	-	-	-	222

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	0.135	1865
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.439	11.917	2534
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.605	179.814	1103
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	0.256	266
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	0.05	337

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.97-2.0738	0.3073	138	0.3063	2644	100
2.0738-2.2035	0.3191	154	0.2777	2644	100
2.2035-2.3733	0.27	141	0.2557	2640	100
2.3733-2.6115	0.3062	129	0.2697	2631	98
2.6115-2.9881	0.2477	139	0.2052	2674	100
2.9881-3.7594	0.1935	159	0.1632	2658	100
3.7594-18.448	0.1532	141	0.1431	2766	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2909	0.3309	-0.1818	0.7694	-0.5015	0.302	-0.0796	-0.2506	0.9236	0.2544	0.2378	0.3443	-0.1658	0.0186	0.1302	0.4995	0.0403	0.0525	0.366	-0.1597	0.7961	-37.386	-2.5785	1.2381
2	0.5991	-0.0987	-0.7889	0.4548	0.0343	0.8399	0.5442	-0.2842	1.4922	-0.0467	0.2948	-0.2335	-1.1349	0.2293	0.1446	0.4217	-0.1918	0.0621	0.4361	-0.2442	0.6666	-31.6048	-9.6675	0.0899
3	0.6352	0.225	0.0861	0.0691	-0.1128	0.4311	0.1291	-1.5118	-0.3443	0.4141	-0.2981	-0.6207	0.0775	0.4828	-0.0423	0.4087	0.0205	-0.1053	0.8284	-0.1559	0.4176	-25.0419	-24.5049	11.6828
4	1.9515	0.2162	-0.333	0.7387	-0.7612	1.435	-0.0966	-0.3194	-0.6893	-0.1078	0.0813	-0.261	0.2512	-0.0418	0.1165	0.4245	-0.02	0.0185	0.4938	0.0238	0.4819	-34.0174	-36.2656	1.8562
5	0.6413	0.4669	-0.374	0.3106	-0.2282	0.3508	-0.0868	-1.3446	0.9521	0.331	0.1773	0.0348	-0.2797	0.0811	0.0925	0.4558	0.0064	0.0237	0.5905	-0.2676	0.4128	-38.1911	-13.7669	11.7279
6	0.2544	0.7517	-0.8555	2.3288	-2.7158	4.9159	-0.4302	-0.144	1.4729	-0.2194	0.8464	0.3033	0.5226	-0.9942	0.1046	0.2081	0.0304	0.0471	0.3743	-0.0495	0.8675	-49.8771	-8.1231	1.861
7	0.3533	0.4693	-0.3678	0.7211	-0.5937	0.2565	0.2896	-0.1204	-0.1561	-0.0801	-0.1393	-0.1066	-0.1466	-0.0144	-0.0005	0.2909	0.0296	-0.0076	0.4078	-0.0323	0.3181	-35.458	-26.9546	2.482
8	0.3257	0.566	0.1802	0.8559	0.4442	0.2479	-0.1377	0.4644	-0.9162	-0.2548	-0.0751	0.685	0.0326	0.0251	-0.0065	0.3412	0.0101	-0.0551	0.457	-0.096	0.3608	-41.7501	-25.5337	-8.8594
9	0.1812	0.3533	-0.433	1.3099	-0.3609	1.0209	-0.0083	0.1307	0.3925	-0.0453	0.1387	-0.176	-0.1596	0.3064	0.2359	0.269	-0.0413	0.0209	0.4007	-0.1741	0.3759	-31.4278	-18.9526	-0.0463
10	0.3534	0.5322	-0.4736	0.8256	-0.5694	0.3826	0.4219	1.3397	0.7698	-0.6038	-0.2705	-0.3878	-0.1616	0.2989	0.2076	0.3374	0.0681	0.0736	0.5763	0.0638	0.3403	-31.1646	-18.6787	-12.7249
11	0.5613	-0.4267	-0.4876	0.229	0.3967	0.382	0.1804	0.3421	0.6808	-0.2207	-0.2601	-0.6505	-0.319	0.2647	-0.0023	0.4043	-0.0102	0.0732	0.5214	0.0204	0.423	-27.831	-15.6188	-7.9524
12	0.6164	-0.4052	-0.6863	0.2538	0.2844	0.6729	0.0001	-0.1563	0.4593	-0.1553	0.1067	0.1003	-0.2681	0.072	0	0.2992	-0.0182	0.0054	0.3192	0.0052	0.394	-40.3882	-14.5869	-5.3252
13	0.297	0.3485	-0.231	0.4238	-0.1869	0.1325	-0.0352	0.028	0.4965	-0.7489	0.3817	-0.4958	0.0487	0.0943	0.0213	0.2983	0.0116	0.0769	0.4428	-0.0846	0.3371	-30.9799	-24.4251	-10.4195
14	0.3868	0.6403	-0.4336	1.3955	-0.3776	0.358	0.1582	-0.3166	0.5151	-0.1066	-0.0531	0.0429	-0.1268	0.2076	-0.0007	0.297	0.0002	0.0054	0.3738	-0.0831	0.2992	-37.9854	-21.3895	2.2183
15	0.1415	0.1743	-0.1105	0.3018	-0.2844	0.2018	0.2611	0.3178	-0.599	-0.2605	-0.1567	-0.1789	0.6097	-0.0208	-0.0003	0.3872	0.024	0.0261	0.3929	-0.0038	0.5689	-58.426	-20.7693	-0.4763

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 188:204)	A	188 - 204
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 205:215)	A	205 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 216:232)	A	216 - 232
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 233:266)	A	233 - 266
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 267:283)	A	267 - 283
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 284:293)	A	284 - 293
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 294:306)	A	294 - 306
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 307:320)	A	307 - 320
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 321:335)	A	321 - 335
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 336:350)	A	336 - 350
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 351:361)	A	351 - 361
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 362:371)	A	362 - 371
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 372:381)	A	372 - 381
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 382:392)	A	382 - 392
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 393:403)	A	393 - 403

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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