PDB-6yqr: BRD9 with Biphenyl-methylamino-dimethylpyridazinone

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6yqr

タイトル

BRD9 with Biphenyl-methylamino-dimethylpyridazinone

要素

Bromodomain-containing protein 9

キーワード

TRANSCRIPTION / BRD9 / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.684 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Application of Atypical Acetyl-lysine Methyl Mimetics in the Development of Selective Inhibitors of the Bromodomain-Containing Protein 7 (BRD7)/Bromodomain-Containing Protein 9 (BRD9) Bromodomains.
著者: Clegg, M.A. / Bamborough, P. / Chung, C.W. / Craggs, P.D. / Gordon, L. / Grandi, P. / Leveridge, M. / Lindon, M. / Liwicki, G.M. / Michon, A.M. / Molnar, J. / Rioja, I. / Soden, P.E. / ...

履歴

登録	2020年4月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6yqr.cif.gz	42.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6yqr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6yqr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6yqr_validation.pdf.gz	738.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6yqr_full_validation.pdf.gz	738.3 KB	表示
XML形式データ	6yqr_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	6yqr_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yqr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/6yqr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yqsC 6yqwC 6yqzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yqw-d 6bqa-d 5i7y-d 6yqs-d 4yy4-d 5mky-d 6k04-d 6v14-d 2v94-2 4uit-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 9

ヘテロ分子

12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	24.524, 33.885, 39.614
Angle α, β, γ (deg.)	71.007, 74.350, 74.205
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 9 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8 分子量: 12228.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: 5-(([1,1'-biphenyl]-2-ylmethyl)amino)-2,4-dimethylpyridazin-3(2H)-one 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD9, UNQ3040/PRO9856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H8M2
#2: 化合物	ChemComp-P8W / 2,4-dimethyl-5-[(2-phenylphenyl)methylamino]pyridazin-3-one / Biphenyl-methylamino-dimethylpyridazinone 分子量: 305.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉N₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.10M morpheus buffer 1 (1M pH 6.5), 30.00% morpheus EDO_P8K (60%) 0.10M Morpheus Amino Acids (1M)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.541 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→31.38 Å / Num. obs: 11790 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 40.8
反射シェル	解像度: 1.68→1.77 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.035 / Mean I/σ(I) obs: 23.3 / Num. unique obs: 1585 / % possible all: 83.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.684→27.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 1.755 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.101 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.185	572	4.861 %
R_work	0.1523	-	-
all	0.154	-	-
obs	-	11766	91.252 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.191 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.045 Å²	0.058 Å²	-0.05 Å²
2-	-	-0.086 Å²	-0.074 Å²
3-	-	-	0.093 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.684→27.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	821	0	23	212	1056

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	880
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	831
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.172	1.648	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.261	1.611	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.984	5	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.227	22.75	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.838	15	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.403	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	189
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.17	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.285	2.127	407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.243	2.119	406
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.138	4.767	508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.152	4.778	509
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.81	2.465	473
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.809	2.466	473
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.012	5.384	676
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.01	5.388	677
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.424	22.472	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.422	22.48	1157

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.684-1.727	0.214	50	0.185	738	0.187	979	0.911	0.934	80.4903	0.168
1.727-1.775	0.228	36	0.173	749	0.176	920	0.932	0.941	85.3261	0.161
1.775-1.826	0.215	35	0.169	727	0.171	867	0.936	0.946	87.8893	0.158
1.826-1.882	0.171	53	0.153	781	0.155	923	0.962	0.956	90.3575	0.149
1.882-1.943	0.216	28	0.151	714	0.153	820	0.949	0.958	90.4878	0.152
1.943-2.011	0.187	46	0.16	714	0.162	828	0.948	0.954	91.7874	0.164
2.011-2.087	0.207	23	0.148	694	0.15	783	0.951	0.96	91.5709	0.155
2.087-2.171	0.194	38	0.133	657	0.136	761	0.951	0.967	91.3272	0.145
2.171-2.267	0.176	32	0.135	667	0.137	750	0.957	0.965	93.2	0.15
2.267-2.377	0.177	34	0.148	601	0.15	685	0.948	0.961	92.7007	0.164
2.377-2.505	0.231	26	0.15	590	0.153	661	0.932	0.958	93.1921	0.171
2.505-2.655	0.219	30	0.16	555	0.163	621	0.936	0.954	94.2029	0.184
2.655-2.837	0.184	26	0.145	538	0.147	601	0.951	0.962	93.8436	0.165
2.837-3.061	0.14	23	0.15	512	0.149	561	0.973	0.965	95.3654	0.177
3.061-3.35	0.155	19	0.147	453	0.147	500	0.967	0.968	94.4	0.173
3.35-3.738	0.122	19	0.135	422	0.135	456	0.972	0.973	96.7105	0.155
3.738-4.304	0.215	26	0.149	364	0.153	406	0.951	0.968	96.0591	0.174
4.304-5.24	0.133	15	0.165	318	0.164	344	0.969	0.964	96.8023	0.188
5.24-7.283	0.334	4	0.174	259	0.176	270	0.893	0.948	97.4074	0.194
7.283-27.89	0.228	9	0.209	141	0.209	156	0.921	0.942	96.1538	0.244

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)