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万見
- PDB-6yq3: Promiscuous Reductase LugOII Catalyzes Keto-reduction at C1 durin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yq3
タイトルPromiscuous Reductase LugOII Catalyzes Keto-reduction at C1 during Lugdunomycin Biosynthesis
要素Monooxygenase
キーワードANTIBIOTIC / lugdunomycin / keto-reduction / short chain alcohol reductase / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


monooxygenase activity / FAD binding
類似検索 - 分子機能
FAD-binding domain / FAD binding domain / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-P7Q / Monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. QL37 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Xiao, X. / Elsayed, S.S. / Wu, C. / van der Heul, H. / Prota, A. / Huang, J. / Guo, R. / Abrahams, J.P. / van Wezel, G.P.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Functional and Structural Insights into a Novel Promiscuous Ketoreductase of the Lugdunomycin Biosynthetic Pathway.
著者: Xiao, X. / Elsayed, S.S. / Wu, C. / van der Heul, H.U. / Metsa-Ketela, M. / Du, C. / Prota, A.E. / Chen, C.C. / Liu, W. / Guo, R.T. / Abrahams, J.P. / van Wezel, G.P.
履歴
登録2020年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Monooxygenase
BBB: Monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9108
ポリマ－53,5942
非ポリマー2,3166
水8,719484
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.969, 60.214, 88.308
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.458, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

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要素

#1: タンパク質 Monooxygenase


分子量: 26797.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. QL37 (バクテリア)
遺伝子: C5F59_12925
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2S6PN47
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-P7Q / (3~{R})-8-methoxy-3-methyl-3,6-bis(oxidanyl)-2,4-dihydrobenzo[a]anthracene-1,7,12-trione


分子量: 352.337 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H16O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Na Malonate, 0.1 M BIS-TRIS prop, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→24.7 Å / Num. obs: 60525 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 16.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.57→1.61 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 6124 / CC1/2: 0.818 / Rrim(I) all: 0.566

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4osp

4osp


解像度: 1.57→24.696 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.996 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1663 3027 5.001 %
Rwork0.1421 --
all0.143 --
obs-60524 96.07 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.537 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.832 Å20 Å2-0.522 Å2
2--1.231 Å2-0 Å2
3----0.153 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→24.696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3733 0 156 484 4373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0134005
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173734
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1141.6685471
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6811.5868604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2935515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.99121.078204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.63715622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0511537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other1.6510.28
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.024562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02835
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2858
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1850.23702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.22053
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.21894
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0680.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2030.226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2370.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1610.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2911.3692035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2871.3672033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9582.0482542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9532.0482542
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4481.6861970
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4471.6861971
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8232.4472922
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8222.4472923
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.55528.0418162
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.43227.32717651
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0750.057796
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.57-1.6110.2392120.2184253X-RAY DIFFRACTION96.9809
1.611-1.6550.2332110.2044222X-RAY DIFFRACTION97.8587
1.655-1.7030.1992100.1884098X-RAY DIFFRACTION97.5986
1.703-1.7550.1972140.173934X-RAY DIFFRACTION97.3938
1.755-1.8130.2041980.1583804X-RAY DIFFRACTION97.4434
1.813-1.8760.1831620.1563746X-RAY DIFFRACTION97.069
1.876-1.9470.1821770.1513560X-RAY DIFFRACTION96.8888
1.947-2.0270.1741840.1423463X-RAY DIFFRACTION97.0721
2.027-2.1170.1711630.1333256X-RAY DIFFRACTION96.6365
2.117-2.220.1831580.1343150X-RAY DIFFRACTION95.9675
2.22-2.340.1551580.1242943X-RAY DIFFRACTION95.5624
2.34-2.4810.1651330.1162799X-RAY DIFFRACTION95.5983
2.481-2.6530.1551740.1272593X-RAY DIFFRACTION95.348
2.653-2.8650.141420.132444X-RAY DIFFRACTION95.3188
2.865-3.1380.1641140.1372253X-RAY DIFFRACTION94.7938
3.138-3.5070.1641270.1351987X-RAY DIFFRACTION93.9138
3.507-4.0480.158980.1271761X-RAY DIFFRACTION93.6052
4.048-4.9530.125850.1221494X-RAY DIFFRACTION92.3392
4.953-6.9870.149690.1631134X-RAY DIFFRACTION90.5873
6.987-24.6960.152380.161603X-RAY DIFFRACTION84.5646
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2156-0.10460.13610.10680.0140.217-0.01270.05010.0320.0143-0.0137-0.0046-0.00020.03320.02640.0023-0.00010.0010.02210.01670.0131-1.8921.688921.9542
20.19450.04670.05520.051-0.02080.1650.0084-0.01690.0204-0.0090.00550.00190.02540.0208-0.01390.00530.0008-0.00220.0154-0.0050.016211.8364-4.719149.7031
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA2 - 901
2X-RAY DIFFRACTION2ALLBBB2 - 701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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