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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ypa | ||||||
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タイトル | The C146A variant of an amidase from Pyrococcus horikoshii with bound glutaramide | ||||||
要素 | CN hydrolase domain-containing protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / amidase of the nitrilase superfamily | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-carbamoylputrescine amidase activity / putrescine biosynthetic process from arginine / beta-alanine biosynthetic process via 3-ureidopropionate / beta-ureidopropionase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å | ||||||
データ登録者 | Sewell, B.T. / Su, S. / Venter, P. / Makumire, S. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structure of the C146A variant of the amidase from Pyrococcus horikoshii bound to glutaramide suggests the basis of amide recognition. 著者: Sewell, B.T. / Su, S. / Venter, P. / Makumire, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ypa.cif.gz | 232.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ypa.ent.gz | 184.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ypa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/6ypa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/6ypa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1j31S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31983.697 Da / 分子数: 4 / 変異: C146A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH0642 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O58376 #2: 化合物 | ChemComp-P6W / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.96 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2.5-4.0 mg/ml protein, 0.1 M Imidazole, MES monohydrate (acid) buffer at pH 6.5, 20% v/v Glycerol, 10% w/v PEG 4000, 0.2M Glutaramide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月14日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.58→100.64 Å / Num. obs: 144086 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 18.89 Å2 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 1264338 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1j31 解像度: 1.58→80.492 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.41 詳細: Alternating cycles of Phenix refine and manual adjustment with coot. One cycle oof PDB-REDO
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97 Å2 / Biso mean: 31.1176 Å2 / Biso min: 15.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.58→80.492 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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