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- PDB-6yo3: LecA from Pseudomonas aeruginosa in complex with a catechol CAS n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yo3
タイトルLecA from Pseudomonas aeruginosa in complex with a catechol CAS no. 67984-81-0
要素PA-I galactophilic lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Non-carbohydrate glycomimetics / PAINS / lectin / catechols
機能・相同性
機能・相同性情報


heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / periplasmic space / cell surface / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PA-IL-like / PA-IL-like protein / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-bis(oxidanyl)benzenecarbonitrile / TRIETHYLENE GLYCOL / PA-I galactophilic lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Kuhaudomlarp, S. / Imberty, A. / Titz, A.
資金援助 フランス, ドイツ, 6件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-AAPG-2017 フランス
French National Research AgencyANR-17-CE11-0048 フランス
German Research Foundation (DFG)Ti756/5-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RA1944/7-1 ドイツ
French National Research AgencyANR-17-EURE-0003 フランス
French National Research AgencyANR-15-IDEX02 フランス
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Non-Carbohydrate Glycomimetics as Inhibitors of Calcium(II)-Binding Lectins.
著者: Kuhaudomlarp, S. / Siebs, E. / Shanina, E. / Topin, J. / Joachim, I. / da Silva Figueiredo Celestino Gomes, P. / Varrot, A. / Rognan, D. / Rademacher, C. / Imberty, A. / Titz, A.
履歴
登録2020年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PA-I galactophilic lectin
B: PA-I galactophilic lectin
C: PA-I galactophilic lectin
D: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,26215
ポリマ－51,0814
非ポリマー1,18111
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7470 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.943, 48.630, 128.632
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
PA-I galactophilic lectin / PA-IL / Galactose-binding lectin


分子量: 12770.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LecA from Pseudomonas aeruginosa was produced as a recombinant protein in E. coli
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: lecA, pa1L, PA2570 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05097

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非ポリマー , 7種, 364分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-P3K / 2,3-bis(oxidanyl)benzenecarbonitrile / 3-シアノカテコ-ル


分子量: 135.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% PEG6000, 100 mM sodium acetate pH 4.5, 1 M LiCl, 1% DMSO mixed in 1:1 ratio with 10mg/ml of LecA in water containing 100 uM CaCl2. The mixture was deposited onto dried catechol compound for co-crystallisation

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→45.5 Å / Num. obs: 47830 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 5.4 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.84-1.880.521583529070.9190.240.5752.797.2
9-45.460.04823744400.9980.0220.05325.397.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OKO

1oko


解像度: 1.84→45.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.711 / SU ML: 0.08 / SU R Cruickshank DPI: 0.1208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.117
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2077 2432 5.1 %RANDOM
Rwork0.1723 ---
obs0.1741 45394 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.6 Å2 / Biso mean: 21.456 Å2 / Biso min: 8.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å21.52 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→45.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3597 0 74 363 4034
Biso mean--32.2 29.82 -
残基数----484
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133799
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.6365186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.431.5827726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0215492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.51725.088171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.17315517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.296158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02746
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.885 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 163 -
Rwork0.246 3307 -
obs--97.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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