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- PDB-6ybg: Structure of Mcl-1 in complex with compound 2g -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ybg
タイトルStructure of Mcl-1 in complex with compound 2g
要素Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS / Apoptosis-inhibitor complex / Mcl-1 / S64315 / small molecule inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OJT / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Dokurno, P. / Surgenor, A.E. / Murray, J.B.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of S64315, a Potent and Selective Mcl-1 Inhibitor.
著者: Szlavik, Z. / Csekei, M. / Paczal, A. / Szabo, Z.B. / Sipos, S. / Radics, G. / Proszenyak, A. / Balint, B. / Murray, J. / Davidson, J. / Chen, I. / Dokurno, P. / Surgenor, A.E. / Daniels, Z.M. ...著者: Szlavik, Z. / Csekei, M. / Paczal, A. / Szabo, Z.B. / Sipos, S. / Radics, G. / Proszenyak, A. / Balint, B. / Murray, J. / Davidson, J. / Chen, I. / Dokurno, P. / Surgenor, A.E. / Daniels, Z.M. / Hubbard, R.E. / Le Toumelin-Braizat, G. / Claperon, A. / Lysiak-Auvity, G. / Girard, A.M. / Bruno, A. / Chanrion, M. / Colland, F. / Maragno, A.L. / Demarles, D. / Geneste, O. / Kotschy, A.
履歴
登録2020年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4375
ポリマ－38,9862
非ポリマー1,4513
水1,17165
1
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2363
ポリマ－19,4931
非ポリマー7432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2012
ポリマ－19,4931
非ポリマー7081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.749, 79.061, 42.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.860, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 19493.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q07820
#2: 化合物 ChemComp-OJT / (2~{R})-2-[5-[3-chloranyl-2-methyl-4-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]phenyl]-6-(3-chlorophenyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]oxy-3-(2-methoxyphenyl)propanoic acid


分子量: 707.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H36Cl2N4O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes buffer pH 7.5, 0.2 M Ammonium Acetate, 30% PegMME550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 19966 / % possible obs: 71.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.39 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 572 / Χ2: 1.3 / % possible all: 20.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6qz6

6qz6


解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 5.192 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.2253 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.2
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2353 885 4.6 %RANDOM
Rwork0.1803 ---
obs0.1828 18167 78.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.67 Å2 / Biso mean: 47.157 Å2 / Biso min: 26.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.19 Å20 Å2-0.42 Å2
2--1.34 Å2-0 Å2
3---1.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2288 0 97 65 2450
Biso mean--46.43 52.78 -
残基数----287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132430
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172254
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.6383281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3711.5835174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5475283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.90120.857140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.47915416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8821524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022699
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02561
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.212 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 61 -
Rwork0.252 1322 -
all-1383 -
obs--39.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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