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- PDB-6yaq: Crystal sttructure of ZmCKO8 in complex with inhibitor 1-(3-Chlor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yaq
タイトルCrystal sttructure of ZmCKO8 in complex with inhibitor 1-(3-Chloro-5-trifluoromethoxy-phenyl)-3-[2-(2-hydroxy-ethyl)-phenyl]-urea
要素Cytokinin dehydrogenase 8
キーワードFLAVOPROTEIN / CYTOKININ OXIDASE/DEHYDROGENASE / PHENYL-UREA INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokinin dehydrogenase / cytokinin dehydrogenase activity / cytokinin metabolic process / FAD binding / oxidoreductase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cytokinin dehydrogenase 1, FAD/cytokinin binding domain / Cytokinin dehydrogenase 1, FAD and cytokinin binding / : / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site / Oxygen oxidoreductases covalent FAD-binding site. / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 ...Cytokinin dehydrogenase 1, FAD/cytokinin binding domain / Cytokinin dehydrogenase 1, FAD and cytokinin binding / : / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site / Oxygen oxidoreductases covalent FAD-binding site. / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-OHZ / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / cytokinin dehydrogenase / cytokinin dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kopecny, D. / Briozzo, P. / Morera, S.
引用ジャーナル: J.Exp.Bot. / 年: 2021
タイトル: Diphenylurea-derived cytokinin oxidase/dehydrogenase inhibitors for biotechnology and agriculture.
著者: Nisler, J. / Kopecny, D. / Pekna, Z. / Koncitikova, R. / Koprna, R. / Murvanidze, N. / Werbrouck, S.P.O. / Havlicek, L. / De Diego, N. / Kopecna, M. / Wimmer, Z. / Briozzo, P. / Morera, S. / ...著者: Nisler, J. / Kopecny, D. / Pekna, Z. / Koncitikova, R. / Koprna, R. / Murvanidze, N. / Werbrouck, S.P.O. / Havlicek, L. / De Diego, N. / Kopecna, M. / Wimmer, Z. / Briozzo, P. / Morera, S. / Zalabak, D. / Spichal, L. / Strnad, M.
履歴
登録2020年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytokinin dehydrogenase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,24620
ポリマ－56,9061
非ポリマー2,34019
水7,566420
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint41 kcal/mol
Surface area20050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.518, 101.518, 128.171
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytokinin dehydrogenase 8


分子量: 56906.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: CKX8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E3T1X2, UniProt: A0A1D6QQD6*PLUS, cytokinin dehydrogenase

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非ポリマー , 6種, 439分子

#2: 化合物 ChemComp-OHZ / 1-(3-Chloro-5-trifluoromethoxy-phenyl)-3-[2-(2-hydroxy-ethyl)-phenyl]-urea / 1-[3-chloranyl-5-(trifluoromethyloxy)phenyl]-3-[2-(2-hydroxyethyl)phenyl]urea


分子量: 374.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14ClF3N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.29 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→47.2 Å / Num. obs: 54431 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.163 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / Num. unique obs: 7754 / CC1/2: 0.558

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YAO

6yao


解像度: 1.95→39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.128 / SU Rfree Blow DPI: 0.119 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.117
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 2721 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 54427 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 114.11 Å2 / Biso mean: 33.19 Å2 / Biso min: 15.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3282 Å20 Å20 Å2
2---3.3282 Å20 Å2
3---6.6565 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3869 0 155 420 4444
Biso mean--45 41.68 -
残基数----499
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1412SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes756HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4159HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion516SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5016SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4159HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5640HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.64
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 201 5.01 %
Rwork0.3271 3809 -
all0.3286 4010 -
obs--99.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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