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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xzs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human carbonic anhydrase I in complex with 4-(3-(2-((4-fluorobenzyl)amino)ethyl)ureido) benzenesulfonamide | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 1炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Inhibitor / carbon dioxide (二酸化炭素) / carbonic anhydrase (炭酸脱水酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / one-carbon metabolic process / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å | ||||||
データ登録者 | Zanotti, G. / Majid, A. / Bozdag, M. / Angeli, A. / Carta, F. / Berto, F. / Supuran, C.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020 タイトル: Benzylaminoethyureido-Tailed Benzenesulfonamides: Design, Synthesis, Kinetic and X-ray Investigations on Human Carbonic Anhydrases. 著者: Ali, M. / Bozdag, M. / Farooq, U. / Angeli, A. / Carta, F. / Berto, P. / Zanotti, G. / Supuran, C.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xzs.cif.gz | 131.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xzs.ent.gz | 99.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xzs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/6xzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/6xzs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Plasmid details: Erythrocytes / 参照: UniProt: P00915, 炭酸脱水酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 200 mM Na-acetate, 30% PEG 4000, 100 mM Tris-HCl pH 9. Inhibitor: 150 mM NaCl, 10% DMSO, 50 mM Tris pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→62.56 Å / Num. obs: 83442 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.57 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 1.899 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6072 / Rpim(I) all: 0.556 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6xze 解像度: 1.53→61.769 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 26.63
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→61.769 Å
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拘束条件 |
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