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- PDB-6xnd: Avidin-Biotin-Phenol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xnd
タイトルAvidin-Biotin-Phenol
要素Avidin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / the complex of Avidin and Biotin-Phenol / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / antibacterial humoral response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Ahmadvand, P. / Kang, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE 1804699 米国
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2020
タイトル: A Ligand-Directed Nitrophenol Carbonate for Transient in situ Bioconjugation and Drug Delivery
著者: Burt, A.J. / Ahmadvand, P. / Opp, L.K. / Ryan, A.T. / Kang, C. / Mancini, R.J.
履歴
登録2020年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年11月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / cell / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_PDB_caveat / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_sheet_range / symmetry
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.volume / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_asym.entity_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Model completeness
詳細: Add water molecules to the model box as specified in the original PDB file, and remove the hydrogen atoms from the model.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Avidin
B: Avidin
C: Avidin
D: Avidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0348
ポリマ－57,4004
非ポリマー1,6344
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10260 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.526, 79.254, 74.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質
Avidin


分子量: 14350.081 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: AVD / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02701
#2: 化合物
ChemComp-V8M / N-[2-(2-hydroxy-5-nitrophenyl)ethyl]-5-[(3aS,4S,6aS)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanamide


分子量: 408.472 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C18H24N4O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 7.0, and 25% (w/v) PEG 1500 / PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→44.843 Å / Num. obs: 71463 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.23
反射 シェル解像度: 1.58→1.64 Å / Num. unique obs: 6991 / CC1/2: 0.462

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AVI

2avi


解像度: 1.58→44.84 Å / SU ML: 0.2356 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8925
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2365 1987 2.78 %
Rwork0.2087 69475 -
obs0.2094 71463 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→44.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3784 0 112 266 4162
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.620.36211440.354928X-RAY DIFFRACTION99.47
1.62-1.660.36381510.32854926X-RAY DIFFRACTION99.84
1.66-1.710.3161330.34936X-RAY DIFFRACTION99.98
1.71-1.770.35381420.29094951X-RAY DIFFRACTION99.96
1.77-1.830.31621430.27874951X-RAY DIFFRACTION99.96
1.83-1.90.28231310.24874975X-RAY DIFFRACTION99.96
1.9-1.990.30151420.22564923X-RAY DIFFRACTION99.98
1.99-2.10.22881510.21694961X-RAY DIFFRACTION99.92
2.1-2.230.22141420.21254965X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.40.26971330.21144984X-RAY DIFFRACTION99.96
2.4-2.640.24291440.2134962X-RAY DIFFRACTION99.94
2.64-3.020.22471440.20254953X-RAY DIFFRACTION99.9
3.02-3.810.2261410.18955010X-RAY DIFFRACTION99.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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