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- PDB-6xds: Crystal structure of MBP-TREM2 Ig domain fusion with fragment, 2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xds
タイトルCrystal structure of MBP-TREM2 Ig domain fusion with fragment, 2-((4-bromophenyl)amino)ethan-1-ol
要素Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Trem2 / MBP / crystallization / chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of high-density lipoprotein particle clearance / regulation of toll-like receptor 6 signaling pathway / positive regulation of complement activation, classical pathway / detection of lipoteichoic acid / regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of hippocampal neuron apoptotic process / regulation of plasma membrane bounded cell projection organization / positive regulation of C-C chemokine receptor CCR7 signaling pathway / excitatory synapse pruning / positive regulation of CD40 signaling pathway ...positive regulation of high-density lipoprotein particle clearance / regulation of toll-like receptor 6 signaling pathway / positive regulation of complement activation, classical pathway / detection of lipoteichoic acid / regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / regulation of hippocampal neuron apoptotic process / regulation of plasma membrane bounded cell projection organization / positive regulation of C-C chemokine receptor CCR7 signaling pathway / excitatory synapse pruning / positive regulation of CD40 signaling pathway / negative regulation of triglyceride storage / negative regulation of cell activation / detection of peptidoglycan / positive regulation of macrophage fusion / import into cell / sulfatide binding / negative regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / negative regulation of fat cell proliferation / lipoteichoic acid binding / positive regulation of engulfment of apoptotic cell / positive regulation of establishment of protein localization / positive regulation of synapse pruning / microglial cell activation involved in immune response / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / negative regulation of autophagic cell death / respiratory burst after phagocytosis / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of astrocyte activation / semaphorin receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / apolipoprotein A-I binding / Other semaphorin interactions / detection of lipopolysaccharide / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of neuroinflammatory response / high-density lipoprotein particle binding / negative regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of glial cell apoptotic process / very-low-density lipoprotein particle binding / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / complement-mediated synapse pruning / microglial cell proliferation / dendritic cell differentiation / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / semaphorin receptor complex / positive regulation of microglial cell activation / regulation of TOR signaling / low-density lipoprotein particle binding / phagocytosis, recognition / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / cellular response to lipoprotein particle stimulus / regulation of resting membrane potential / positive regulation of phagocytosis, engulfment / cellular response to peptidoglycan / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / peptidoglycan binding / positive regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of chemotaxis / semaphorin receptor activity / positive regulation of potassium ion transport / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of amyloid fibril formation / cellular response to lipid / kinase activator activity / regulation of interleukin-6 production / apoptotic cell clearance / dendritic spine maintenance / negative regulation of interleukin-1 beta production / phagocytosis, engulfment / regulation of innate immune response / positive regulation of ATP biosynthetic process / phosphatidylserine binding / negative regulation of cholesterol storage / detection of maltose stimulus / pyroptotic inflammatory response / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / lipid homeostasis / maltose transport complex / social behavior / cellular response to lipoteichoic acid / amyloid-beta clearance / lipoprotein particle binding / carbohydrate transport / positive regulation of intracellular signal transduction / humoral immune response / regulation of lipid metabolic process / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / apolipoprotein binding / plasma membrane raft / positive regulation of cholesterol efflux / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / positive regulation of TOR signaling
類似検索 - 分子機能
: / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / Immunoglobulin V-set domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Immunoglobulin V-set domain ...: / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / Immunoglobulin V-set domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotriose / 2-[(4-bromophenyl)amino]ethan-1-ol / Maltodextrin-binding protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.466 Å
データ登録者Su, H.P.
引用ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2021
タイトル: Development of a robust crystallization platform for immune receptor TREM2 using a crystallization chaperone strategy.
著者: Byrne, N.J. / Lee, A.C. / Kostas, J. / Reid, J.C. / Partridge, A.T. / So, S.S. / Cowan, J.E. / Abeywickrema, P. / Huang, H. / Zebisch, M. / Barker, J.J. / Soisson, S.M. / Brooun, A. / Su, H.P.
履歴
登録2020年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Triggering receptor expressed on myeloid cells 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1276
ポリマ－54,1721
非ポリマー9555
水9,512528
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.840, 80.350, 103.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sugar ABC transporter substrate-binding protein,Triggering receptor expressed on myeloid cells 2 / TREM-2 / Triggering receptor expressed on monocytes 2


分子量: 54172.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, DU74_04045, TREM2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: A0A0F8NYV9, UniProt: Q9NZC2, UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-V5S / 2-[(4-bromophenyl)amino]ethan-1-ol / 2-(4-ブロモアニリノ)エタノ-ル


分子量: 216.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10BrNO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM BisTris pH 5.5, 100 mM ammonium acetate, 15% PEG4000, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91636 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91636 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.466→21.44 Å / Num. obs: 76286 / % possible obs: 72.3 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 23.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.466→1.608 Å / 冗長度: 6 % / Num. unique obs: 3814 / CC1/2: 0.572 / % possible all: 15.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.466→21.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU R Cruickshank DPI: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.09 / SU Rfree Blow DPI: 0.086 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.082
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2082 3827 5.02 %RANDOM
Rwork0.1881 ---
obs0.189 76246 71.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 74.29 Å2 / Biso mean: 26.14 Å2 / Biso min: 12.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1416 Å20 Å20 Å2
2--0.1422 Å20 Å2
3----0.0006 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.466→21.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3764 0 75 529 4368
Biso mean--27.63 38.74 -
残基数----485
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1415SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes726HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it4057HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion541SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4101SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4083HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5600HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.23
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2223 88 5.77 %
Rwork0.2084 1437 -
all0.2092 1525 -
obs--9.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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