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- PDB-6x7r: E. coli beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase III (FabH) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x7r
タイトルE. coli beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase III (FabH) in complex with oxa(dethia)-coenzyme A
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
キーワードTRANSFERASE / Ketoacyl synthase / substrate analog
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
oxa(dethia)-CoA / Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Benjamin, A.B. / Stunkard, L.M. / Ling, J. / Nice, J.N. / Lohman, J.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: Structures of chloramphenicol acetyltransferase III and Escherichia coli beta-keto-acylsynthase III co-crystallized with partially hydrolysed acetyl-oxa(de-thia)CoA
著者: Benjamin, A.B. / Stunkard, L.M. / Ling, J. / Nice, J.N. / Lohman, J.R.
履歴
登録2020年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年6月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.label_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6024
ポリマ－33,7481
非ポリマー8543
水7,224401
1
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2048
ポリマ－67,4962
非ポリマー1,7086
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area5220 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.629, 72.629, 102.868
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-796-

HOH

21A-898-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III / EcFabH


分子量: 33748.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: fabH, b1091, JW1077 / Variant: DH10B / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0A6R0, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 化合物 ChemComp-UT7 / oxa(dethia)-CoA / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]methyl (3R)-3-hydroxy-4-({3-[(2-hydroxyethyl)amino]-3-oxopropyl}amino)-2,2-dimethyl-4-oxobutyl dihydrogen diphosphate / 2-[N-[(2R)-4-(3′-O-ホスホノ-5′-アデニリルオキシホスホニルオキシ)-2-ヒドロキシ-3,3-ジメ(以下略)


分子量: 751.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 75 mM magnesium chloride, 100 mM HEPES:NaOH, pH 7.5, 23% PEG3350, 1.5% DMSO
Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月29日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 60608 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 20.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.089 / Rsym value: 0.071 / Χ2: 1.016 / Net I/av σ(I): 25.077 / Net I/σ(I): 130.4
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 6013 / CC1/2: 0.936 / CC star: 0.983 / Rpim(I) all: 0.211 / Rrim(I) all: 0.797 / Rsym value: 0.644 / Χ2: 1.034 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.71 Å23.58 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1HNJ

1hnj


解像度: 1.35→23.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / WRfactor Rfree: 0.1961 / WRfactor Rwork: 0.1604 / FOM work R set: 0.8552 / SU B: 0.976 / SU ML: 0.039 / SU R Cruickshank DPI: 0.05 / SU Rfree: 0.0543 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1757 3041 5 %RANDOM
Rwork0.1446 ---
obs0.1462 57495 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.29 Å2 / Biso mean: 20.81 Å2 / Biso min: 14.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.19 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.19 Å20 Å2
3---2.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→23.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2355 0 53 413 2821
Biso mean--26.27 33.7 -
残基数----318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132533
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9091.6683478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5721.5875533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5065340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.13622.105114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.37315407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7131516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02512
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.383 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 232 -
Rwork0.225 4027 -
obs--95.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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