PDB-6wvx: Crystal structure of the first bromodomain of human BRD4 with ben...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wvx

タイトル

Crystal structure of the first bromodomain of human BRD4 with benzodiazepine inhibitor

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

GENE REGULATION/INHIBITOR / Inhibitor / bromodomain / BRD4 / benzodiazepine / GENE REGULATION / GENE REGULATION-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Eron, S.J.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural Characterization of Degrader-Induced Ternary Complexes Using Hydrogen-Deuterium Exchange Mass Spectrometry and Computational Modeling: Implications for Structure-Based Design.
著者: Eron, S.J. / Huang, H. / Agafonov, R.V. / Fitzgerald, M.E. / Patel, J. / Michael, R.E. / Lee, T.D. / Hart, A.A. / Shaulsky, J. / Nasveschuk, C.G. / Phillips, A.J. / Fisher, S.L. / Good, A.

履歴

登録	2020年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年12月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wvx.cif.gz	75.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wvx.ent.gz	53 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wvx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wvx_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wvx_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6wvx_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	6wvx_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/6wvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/6wvx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z1sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4o76-3 4ps5-2 4o7e-1 5kdh-d 4o7b-d 2yel-d 6mh1-1 4meo-d 5ti2-d 4z1s-2 5ti4-d 7ajn-d 6prt-d 4o7a-d 4o70-2 4lyw-d 4mep-d 5ti3-d 4uix-1 3svf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

B: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

31.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.430, 39.710, 57.820
Angle α, β, γ (deg.)	82.210, 75.250, 89.860
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 41 - 166 / Label seq-ID: 1 - 126

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15156.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-UDV / 6'-(4-chlorophenyl)-1'-methyl-8'-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)spiro[cyclopropane-1,4'-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine] 分子量: 414.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₁₉ClN₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.18 M Triammonium Citrate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→55.368 Å / Num. obs: 33390 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 1.5 % / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.089 / R_rim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 3.2
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / R_merge(I) obs: 0.531 / Num. unique obs: 1696 / CC_1/2: 0.601 / R_pim(I) all: 0.531 / R_rim(I) all: 0.751 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Z1S

4z1s

解像度: 1.55→39.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 2.635 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2462	1681	5.067 %
R_work	0.2168	31495	-
all	0.218	-	-
obs	-	33176	88.119 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.361 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.658 Å²	0.002 Å²	0.489 Å²
2-	-	0.283 Å²	0.302 Å²
3-	-	-	0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→39.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2090	0	60	232	2382

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2262
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.594	1.657	3097
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.431	1.598	4813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.786	5	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.355	24.909	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.553	15	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.613	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	429
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	442
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	1801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	795
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.03	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.012	1.174	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.012	1.174	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.677	1.751	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.677	1.754	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.503	1.299	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.502	1.298	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.338	1.885	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.337	1.885	1801
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.597	13.561	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.517	13.269	2602

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.277	155	0.269	2367	X-RAY DIFFRACTION	90.2326
1.59-1.634	0.292	132	0.258	2295	X-RAY DIFFRACTION	89.5242
1.634-1.681	0.3	126	0.243	2219	X-RAY DIFFRACTION	88.6914
1.681-1.733	0.264	119	0.233	2140	X-RAY DIFFRACTION	87.5921
1.733-1.79	0.281	105	0.227	2030	X-RAY DIFFRACTION	85.6742
1.79-1.852	0.238	95	0.213	1952	X-RAY DIFFRACTION	86.5539
1.852-1.922	0.378	96	0.363	1853	X-RAY DIFFRACTION	83.0776
1.922-2.001	0.284	95	0.263	1795	X-RAY DIFFRACTION	84.6774
2.001-2.089	0.253	88	0.22	1832	X-RAY DIFFRACTION	90.3955
2.089-2.191	0.239	79	0.207	1822	X-RAY DIFFRACTION	92.0581
2.191-2.31	0.399	85	0.312	1541	X-RAY DIFFRACTION	84.6875
2.31-2.449	0.215	86	0.188	1544	X-RAY DIFFRACTION	89.659
2.449-2.618	0.247	76	0.182	1483	X-RAY DIFFRACTION	88.984
2.618-2.827	0.189	103	0.192	1343	X-RAY DIFFRACTION	90.3186
2.827-3.096	0.202	58	0.189	1243	X-RAY DIFFRACTION	87.4328
3.096-3.461	0.189	55	0.186	1108	X-RAY DIFFRACTION	87.3779
3.461-3.993	0.197	49	0.163	1007	X-RAY DIFFRACTION	89.3401
3.993-4.884	0.169	44	0.159	878	X-RAY DIFFRACTION	92.016
4.884-6.881	0.206	23	0.192	665	X-RAY DIFFRACTION	90.8851
6.881-39.32	0.241	12	0.205	377	X-RAY DIFFRACTION	87.8104

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