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- PDB-5kdh: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kdh
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 IN COMPLEX WITH A DIHYDROPYRIDOPYRIMIDINE SCAFFOLD INHIBITOR
要素Bromodomain-containing protein 4BRD4
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / BROMODOMAIN (ブロモドメイン) / CAP / HUNK1 / MCAP / PROTEIN BINDING-INHIBITOR COMPLEX / MITOTIC CHROMOSOME ASSOCIATED PROTEIN / CELL CYCLE (細胞周期) / INHIBITOR (酵素阻害剤) / TRANSCRIPTION-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / 染色体 / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / クロマチンリモデリング / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)5 U01 HD076542 (GIG) 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)HHSN275201300017C (GIG) 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: BET Bromodomain Inhibitors with One-Step Synthesis Discovered from Virtual Screen.
著者: Ayoub, A.M. / Hawk, L.M.L. / Herzig, R.J. / Jiang, J. / Wisniewski, A.J. / Gee, C.T. / Zhao, P. / Zhu, J.Y. / Berndt, N. / Offei-Addo, N.K. / Scott, T.G. / Qi, J. / Bradner, J.E. / Ward, T.R. ...著者: Ayoub, A.M. / Hawk, L.M.L. / Herzig, R.J. / Jiang, J. / Wisniewski, A.J. / Gee, C.T. / Zhao, P. / Zhu, J.Y. / Berndt, N. / Offei-Addo, N.K. / Scott, T.G. / Qi, J. / Bradner, J.E. / Ward, T.R. / Schonbrunn, E. / Georg, G.I. / Pomerantz, W.C.K.
履歴
登録2016年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6935
ポリマ－15,0991
非ポリマー5944
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.120, 48.560, 61.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / BRD4 / Protein HUNK1


分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 44-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-6RX / (5~{S})-1-ethyl-5-(4-methylphenyl)-8,9-dihydro-5~{H}-furo[3,4]pyrido[3,5-~{b}]pyrimidine-2,4,6-trione


分子量: 339.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17N3O4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12.5 MG/ML BRD4, 5MM HEPES PH 7.5, 50MM SODIUM CHLORIDE, 0.5MM DTT, 50MM TRIS PH8.5, 0.1M AMMONIUM, SULFATE, 12.5% PEG 3,350, 10% DMSO, 1 MM INHIBITOR

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月17日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→38.135 Å / Num. obs: 20642 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 27.78
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.5-1.547.30.3545.43198.9
1.54-1.587.30.3076.31197.8
1.58-1.637.30.2428.19197.8
1.63-1.687.30.29.98198.9
1.68-1.737.30.16112.18199.1
1.73-1.797.30.13514.45198.6
1.79-1.867.30.10318.74198.8
1.86-1.947.20.08123.37198.9
1.94-2.027.20.06428.03199.3
2.02-2.127.10.05233.81199.2
2.12-2.2470.04538.79199.5
2.24-2.3770.04141.65199.4
2.37-2.546.90.03544.52199.7
2.54-2.7470.03248.84199.6
2.74-36.80.02852.04199.9
3-3.356.80.02855.7199.6
3.35-3.876.70.02459.01199.9
3.87-4.746.70.02260.97199.8
4.74-6.716.70.02258.72199.8
6.71-1005.60.02954.67198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.5 Å38.14 Å
Translation1.5 Å38.14 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O7A

4o7a


解像度: 1.5→38.135 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 1033 5 %
Rwork0.158 --
obs-20641 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 151.13 Å2 / Biso mean: 27.5423 Å2 / Biso min: 8.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→38.135 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1062 0 62 96 1220
Biso mean--30.13 29.7 -
残基数----127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091178
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2691614
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052165
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.538455
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5001-1.57910.25041440.18352727287198
1.5791-1.67810.17171440.16122736288098
1.6781-1.80770.18131450.15722748289399
1.8077-1.98960.16411460.15342784293099
1.9896-2.27740.17681480.14572798294699
2.2774-2.86920.19441490.16128432992100
2.8692-38.14780.18151570.158929723129100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5829-1.42184.32910.8925-1.53665.3511-0.1125-0.0562-0.21150.12970.1808-0.0208-0.0111-0.0693-0.04030.15580.03920.03650.1377-0.00230.159511.9734-7.40441.3021
24.4502-3.36740.12055.30360.23542.74170.144-0.2929-0.31620.2681-0.204-0.9531-0.42960.4566-0.01710.1932-0.0778-0.090.21040.04450.275428.4398-0.0654-2.7629
37.5845-0.78821.92981.4176-1.81824.1821-0.01040.10660.3747-0.09150.1026-0.2098-0.36410.3529-0.05290.1693-0.02690.00970.06380.00770.184920.99353.8926-15.2873
43.9727-0.761-0.21471.8211-1.3651.28480.07860.45630.3317-0.15230.18920.4455-0.1863-0.69670.01470.13910.0282-0.02570.28590.05420.16474.9844-3.28-16.8699
51.93270.37010.53942.1827-0.24334.7408-0.0823-0.04020.02070.00620.0012-0.07880.09210.07140.06430.07780.01450.01590.07460.0170.094316.1046-8.7003-8.5616
62.26-2.1271-1.91043.81321.96351.6290.02561.0158-0.1124-1.6089-0.0274-0.07980.7825-0.95510.11840.54-0.019-0.01390.28650.01780.192712.0998-10.3868-28.1435
75.3528-0.01983.1122.40720.18093.74970.26840.11960.3672-0.0669-0.2815-0.41690.25210.4278-0.01850.1097-0.0120.04470.1860.03590.197426.2632-4.4863-15.6892
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 42 through 60 )A42 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 68 )A61 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 80 )A69 - 80
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 81 through 96 )A81 - 96
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 97 through 139 )A97 - 139
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 140 through 144 )A140 - 144
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 145 through 168 )A145 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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