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- PDB-6wta: Structure of F420-H2 Dependent Oxidoreductase (FDOR-A) MSMEG_2027... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wta
タイトルStructure of F420-H2 Dependent Oxidoreductase (FDOR-A) MSMEG_2027 in complex with F420
要素Uncharacterized protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / F420 / Complex / Cofactor
機能・相同性F420H(2)-dependent quinone reductase / F420H(2)-dependent quinone reductase / coenzyme F420 binding / FMN-binding split barrel / oxidoreductase activity / plasma membrane / COENZYME F420-4 / Nitroreductase
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Jackson, C.J. / Antoney, J.P.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: A F 420 -dependent single domain chemogenetic tool for protein de-dimerization.
著者: Antoney, J. / Kainrath, S. / Dubowsky, J.G. / Ahmed, F.H. / Kang, S.W. / Mackie, E.R.R. / Granado, G.B. / Soares da Costa, T.P. / Jackson, C.J. / Janovjak, H.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: A F420-dependent single domain chemogenetic tool for protein de-dimerization
著者: Antoney, J. / Kainrath, S. / Ahmed, F.H. / Kang, S.W. / Mackie, E.R. / Soares da Costa, T.P. / Jackson, C.J. / Janovjak, H.
履歴
登録2020年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32025年5月14日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
Z: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0883
ポリマ－32,0562
非ポリマー1,0321
水1,56787
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0602
ポリマ－16,0281
非ポリマー1,0321
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
Z: Uncharacterized protein


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 16 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0281
ポリマ－16,0281
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.364, 63.022, 65.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 16028.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_2027 / プラスミド: pETMCSIII / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QU01
#2: 化合物 ChemComp-UBM / COENZYME F420-4 / (2~{S})-2-[[(4~{S})-5-oxidanyl-5-oxidanylidene-4-[[(4~{S})-5-oxidanyl-5-oxidanylidene-4-[[(4~{S})-5-oxidanyl-5-oxidanyl idene-4-[[(2~{S})-2-[oxidanyl-[(2~{R},3~{S},4~{S})-2,3,4-tris(oxidanyl)-5-[8-oxidanyl-2,4-bis(oxidanylidene)-1~{H}-pyrim ido[4,5-b]quinolin-10-yl]pentoxy]phosphoryl]oxypropanoyl]amino]pentanoyl]amino]pentanoyl]amino]pentanoyl]amino]pentanedi oic acid


分子量: 1031.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C39H50N7O24P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.4
詳細: 0.07 M citrate, 0.03 M bis-tris propane, 16% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953729987144 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953729987144 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→32.68 Å / Num. obs: 17596 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 19.79 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.183 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 1.556 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 886 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.511 / Χ2: 1.02 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660)精密化
XDS20200131データ削減
Aimless1.11.21データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.8.6.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y9I

4y9i


解像度: 1.67→32.68 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 907 5.2 %
Rwork0.2002 --
obs0.2022 17438 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→32.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1152 0 71 87 1310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6831751
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.681470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046186
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004225
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.67-1.770.40851490.37852722X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.910.30541560.27362686X-RAY DIFFRACTION99
1.91-2.10.28561520.2332670X-RAY DIFFRACTION98
2.1-2.410.23741570.2042738X-RAY DIFFRACTION99
2.41-3.030.26311380.18692791X-RAY DIFFRACTION100
3.03-32.680.18191550.16572924X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16270.35660.1240.7830.24180.9944-0.0748-0.07830.1012-0.14460.2369-0.22160.38740.3042-0.00080.62440.07140.07510.3121-0.19840.8615-24.0656111.402666.7058
25.5780.2773-0.83423.6018-2.07052.16050.03970.2726-0.33820.0422-0.0102-0.12520.11010.4939-0.10820.26620.01180.0030.359-0.04510.2507-21.4152118.668769.8868
35.1969-0.1391.32072.5693-0.73887.66990.0815-0.10360.0060.10230.12020.0575-0.06-0.1178-0.19210.17820.02080.00780.1810.02480.1875-29.8737124.4677.3376
45.00421.22330.02442.03660.56243.4080.09090.11180.16320.09250.01340.3099-0.2438-0.5766-0.05640.23560.07880.03190.40050.04240.2399-36.6807126.755276.0896
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'Z' and (resid 1 through 6 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 4 through 34 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 35 through 75 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 76 through 140 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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