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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wdv | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Danio rerio Histone Deacetylase 10 in Complex with Dimethylaminomethylindole Phenylhydroxamate Inhibitor | ||||||
![]() | Polyamine deacetylase HDAC10 | ||||||
![]() | Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / Histone Deacetylase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() polyamine deacetylation / spermidine deacetylation / HDACs deacetylate histones / acetylspermidine deacetylase / acetylspermidine deacetylase activity / acetylputrescine deacetylase / acetylputrescine deacetylase activity / deacetylase activity / homologous recombination / swimming behavior ...polyamine deacetylation / spermidine deacetylation / HDACs deacetylate histones / acetylspermidine deacetylase / acetylspermidine deacetylase activity / acetylputrescine deacetylase / acetylputrescine deacetylase activity / deacetylase activity / homologous recombination / swimming behavior / regulation of tubulin deacetylation / macroautophagy / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Herbst-Gervasoni, C.J. / Christianson, D.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for the Selective Inhibition of HDAC10, the Cytosolic Polyamine Deacetylase. 著者: Herbst-Gervasoni, C.J. / Steimbach, R.R. / Morgen, M. / Miller, A.K. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 699.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 705.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 75055.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: hdac10 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: F1QCV2, acetylspermidine deacetylase, acetylputrescine deacetylase |
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-非ポリマー , 5種, 174分子 ![](data/chem/img/TWM.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-TWM / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ZN / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.18 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 10 mg/mL HDAC10, 2 mM inhibitor, 1:1000 trypsin:HDAC10, 0.135 M sodium phosphate monobasic, 0.045 M sodium phosphate dibasic, 18% PEG3350 (w/v), and 0.5% (w/v) n-dodecyl-N,N-dimethylamine-N-oxide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→69.86 Å / Num. obs: 37432 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 46.13 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 1.111 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3654 / CC1/2: 0.557 / Rpim(I) all: 0.603 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5TD7 解像度: 2.4→69.86 Å / SU ML: 0.3213 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.3244
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→69.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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