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- PDB-6w9k: Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand bindi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w9k
タイトルStructure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand binding domain in complex with Prednisolone and PGC1a coregulator fragment
要素
  • Glucocorticoid Receptor
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
キーワードHORMONE / Glucocorticoid Receptor / anti-inflammation drug
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / response to muscle activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / cellular respiration / lncRNA binding / digestion / temperature homeostasis / response to starvation / intracellular glucose homeostasis ...Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / response to muscle activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / cellular respiration / lncRNA binding / digestion / temperature homeostasis / response to starvation / intracellular glucose homeostasis / fatty acid oxidation / response to dietary excess / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / estrogen response element binding / adipose tissue development / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / brown fat cell differentiation / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / energy homeostasis / transcription coregulator activity / positive regulation of gluconeogenesis / respiratory electron transport chain / RNA splicing / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear receptor coactivator activity / mitochondrion organization / gluconeogenesis / nuclear receptor binding / regulation of circadian rhythm / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / PPARA activates gene expression / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / PML body / chromatin DNA binding / nuclear receptor activity / mRNA processing / Regulation of RUNX2 expression and activity / Circadian Clock / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription factor binding / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / negative regulation of neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein stabilization / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / : / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Nuclear hormone receptor / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / : / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Nuclear hormone receptor / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / RNA-binding domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
prednisolone / Ancestral Glucocorticoid Receptor2 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Liu, X. / Ortlund, E.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
American Heart Association17POST33660110 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK095750 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Disruption of a key ligand-H-bond network drives dissociative properties in vamorolone for Duchenne muscular dystrophy treatment.
著者: Liu, X. / Wang, Y. / Gutierrez, J.S. / Damsker, J.M. / Nagaraju, K. / Hoffman, E.P. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2020年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid Receptor
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2524
ポリマ－29,8002
非ポリマー4532
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.052, 96.089, 108.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-447-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glucocorticoid Receptor


分子量: 28702.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X8XLE9
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / PPARGC-1-alpha / Ligand effect modulator 6


分子量: 1097.434 Da / 分子数: 1 / Fragment: amino acids 142-151 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2
#3: 化合物 ChemComp-TUA / prednisolone / Prednisolone / (11alpha)-11,17,21-trihydroxypregna-1,4-diene-3,20-dione / プレドニゾロン


分子量: 360.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.24 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 3.0 M sodium formate, and 0.1 M HEPES 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→39.25 Å / Num. obs: 48001 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / CC1/2: 0.952 / CC star: 0.988 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Num. unique obs: 4531 / CC1/2: 0.765

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GN8

3gn8


解像度: 1.6→39.25 Å / SU ML: 0.1752 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.6239
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1919 1999 4.16 %
Rwork0.1785 --
obs0.1791 48001 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2086 0 32 138 2256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00692270
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86813086
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0596346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6734315
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.2871300.26112997X-RAY DIFFRACTION91.62
1.64-1.690.22431440.23453293X-RAY DIFFRACTION99.54
1.69-1.740.26531410.2193271X-RAY DIFFRACTION99.56
1.74-1.790.23021430.2013274X-RAY DIFFRACTION99.36
1.79-1.860.16321430.20113272X-RAY DIFFRACTION99.04
1.86-1.930.19631410.19443262X-RAY DIFFRACTION98.35
1.93-2.020.24111420.19113277X-RAY DIFFRACTION99.8
2.02-2.130.21551460.1893332X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.260.21541430.18363290X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.440.23181440.17813322X-RAY DIFFRACTION99.51
2.44-2.680.21891430.18423303X-RAY DIFFRACTION98.8
2.68-3.070.20021440.18663302X-RAY DIFFRACTION98.57
3.07-3.870.17991470.16763370X-RAY DIFFRACTION99.72
3.87-39.250.16081480.16473437X-RAY DIFFRACTION97.79
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.44332688647-4.367784756953.294265616036.83686792329-3.249692279364.11088780634-0.192403625628-0.898606254909-0.3803388981180.4867694238830.16816803238-0.2121430545880.16214715387-0.109493392734-0.06027880309380.344520372432-0.047572634266-0.03159662315160.4041204473530.1066632674930.325501416885-8.90372823994-26.704914199915.2614977538
21.89639799276-0.3496885882260.5253895745541.48825800896-0.355435070842.036527349290.04008049810130.0324031902393-0.250782224615-0.0480835625427-0.0002031665055030.1364134100970.1732665051260.00479137751375-0.08451361428030.227686628902-0.0152315690480.007498558578690.2143283522420.01835007249420.240223521823-4.44222513347-26.65337434455.90088129744
35.39839495693-4.69447855103-0.9720970446844.788573645161.234701447621.267881710690.04282723747-0.330282796164-0.04438025940360.3294959946650.0110356536339-0.5754753944260.2193405915610.329689810471-0.0487927441570.4353320196420.0143798699757-0.03468632028190.4678925584050.07040488368850.2816362203476.25758607664-26.898496094722.1638241014
42.08934359232-0.2789445543920.2608663689841.89203535716-0.2675464672342.96261893184-0.007259280115780.0590547418093-0.007264615489870.118220330102-0.0182205852082-0.152511729706-0.01335062811230.2208957790730.02582141886810.206039339981-0.02821749095760.00843226248380.2038449680130.02883513054040.2294449409390.371473154578-16.43361845467.47987478365
55.871600403790.3625681555681.364868802636.942162906124.614338026438.07209618868-0.185274793294-0.2367491568310.557424117149-0.01265738247110.01546181875420.275099004127-0.797112513347-0.4160925877250.0353957099920.3014151647340.00749433588387-0.01351594319120.217200375250.1006306001750.327921585801-10.4752716517-6.14754802812.13417949141
65.85565970685-7.53346760651-0.895139676057.572565294711.09208433030.930611667956-0.007561991925660.05197444992460.1824935134090.145357306659-0.0516592796669-0.272790218849-0.07470455907150.1277684956320.02363755889850.214294753416-0.02831447772310.0143583520930.2231386874140.03688986561610.2244841702425.19618147929-15.89215306185.11298823394
77.32526946906-0.439362058548-0.1535221662135.32446154888-2.444685232396.79545025002-0.0366288630740.070201637135-0.685092279178-0.02496324428770.06597222323240.01849814283910.559847595846-0.152656243848-0.05063370465210.2842513793630.03562703384940.00567778199490.179820948163-0.03323290179620.2936889657165.4071454795-35.04342132240.762680342351
87.224364128-5.09791883421-4.192286193443.642217767722.777998022662.891530233140.03168034826170.1291622127980.304789252193-0.1237857236970.194615952269-0.279871770221-0.1632866116590.461327498036-0.2046100962060.245577602922-0.01334055530230.03451461768380.3038765665780.02467584042760.2019836437185.63883710858-12.6880478053-5.45468300669
92.5374374833-0.3181259300411.574852417744.07762892327-0.8041303583372.30203897287-0.1709860171580.200969974502-1.17714193683-0.622337687224-0.03058696131281.564004811870.372109383616-0.6737019138060.3001354945470.510288163194-0.0886881356437-0.1185441386560.372883113353-0.04635331859730.723249930595-11.9150568344-34.8370204469-3.65994771709
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 85 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 86 through 107 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 108 through 151 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 152 through 179 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 180 through 210 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 211 through 234 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 235 through 246 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 142 through 151 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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