PDB-6vr2: Aminoglycoside N-2'-Acetyltransferase-Ia [AAC(2')-Ia] in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vr2

タイトル

Aminoglycoside N-2'-Acetyltransferase-Ia [AAC(2')-Ia] in complex with acetylated-tobramycin and CoA

要素

Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Acetyltransferase / GNAT superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

gentamicin 2'-N-acetyltransferase / aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Providencia stuartii (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Bassenden, A.V. / Berghuis, A.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structural and phylogenetic analyses of resistance to next-generation aminoglycosides conferred by AAC(2') enzymes.
著者: Bassenden, A.V. / Dumalo, L. / Park, J. / Blanchet, J. / Maiti, K. / Arya, D.P. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2020年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vr2.cif.gz	182.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vr2.ent.gz	144.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vr2_validation.pdf.gz	539.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vr2_full_validation.pdf.gz	543.2 KB	表示
XML形式データ	6vr2_validation.xml.gz	2.6 KB	表示
CIF形式データ	6vr2_validation.cif.gz	8.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/6vr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/6vr2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vr3C 6vtaC 7jzsSC 6vou S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vr3-d 5us1-2 4r3p-d 6vta-d 5us1-5 6vou-d 5us1-4 5czi-d 5us1-6 2zjm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (5)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (3)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

B: Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase

ヘテロ分子

43.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.798, 72.798, 146.321
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Aminoglycoside 2'-N-acetyltransferase / AAC(2')-Ia 分子量: 20108.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Providencia stuartii (バクテリア) 遺伝子: aac / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q52424, gentamicin 2'-N-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-R7Y / (1S,2S,3R,4S,6R)-3-{[2-(acetylamino)-6-amino-2,3,6-trideoxy-alpha-D-ribo-hexopyranosyl]oxy}-4,6-diamino-2-hydroxycycloh exyl 3-amino-3-deoxy-alpha-D-glucopyranoside / acetylated-tobramycin 分子量: 509.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₉N₅O₁₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4 / 詳細: MPD, sodium acetate, tobramycin, Acetyl CoA

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.34 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→26.47 Å / Num. obs: 44518 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 22.65
反射シェル	解像度: 1.77→1.833 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / Num. unique obs: 4369 / CC_1/2: 0.654 / CC star: 0.889

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17_3644: ???)	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JZS

7jzs

解像度: 1.77→26.47 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.41

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1924	3767	4.46 %
R_work	0.1671	-	-
obs	0.1682	84556	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→26.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2790	0	194	324	3308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3176
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.905	4314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	30.083	1147
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	456
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	547

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.79	0.3174	129	0.3248	2593	X-RAY DIFFRACTION	87
1.79-1.81	0.305	136	0.3102	2994	X-RAY DIFFRACTION	99
1.81-1.84	0.2531	142	0.2771	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.2547	134	0.2426	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2797	136	0.2277	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.2606	134	0.2062	3059	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.95	0.2293	142	0.2054	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.99	0.2428	148	0.1927	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.02	0.2194	148	0.1853	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.06	0.2267	132	0.1837	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.1963	146	0.1815	3049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.15	0.2104	136	0.1679	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.2	0.2225	144	0.1711	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.25	0.1649	144	0.1653	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.31	0.191	144	0.1616	3012	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.38	0.2353	132	0.1631	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.46	0.2029	141	0.1688	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.55	0.1815	132	0.1681	3047	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.65	0.1947	144	0.1633	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.77	0.1829	146	0.1668	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.92	0.1894	146	0.1596	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.1	0.1652	139	0.1579	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.34	0.2102	140	0.15	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.67	0.1688	138	0.1412	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-4.2	0.1617	150	0.131	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-5.28	0.1171	136	0.1266	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
5.29-26.54	0.1849	128	0.1635	3023	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -13.8903 Å / Origin y: 30.501 Å / Origin z: 18.9672 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1124 Å²	0.0006 Å²	-0.0054 Å²	-	0.1003 Å²	0.0082 Å²	-	-	0.0928 Å²
L	1.1192 °²	0.1619 °²	-0.0721 °²	-	1.5537 °²	-0.0342 °²	-	-	0.6449 °²
S	0.0495 Å °	-0.0207 Å °	0.0101 Å °	0.1304 Å °	-0.0239 Å °	-0.0082 Å °	0.0111 Å °	-0.0175 Å °	-0.0187 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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