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万見
- PDB-6vqm: Crystal Structure Analysis of human ACK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vqm
タイトルCrystal Structure Analysis of human ACK1
要素Activated CDC42 kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Non-receptor tyrosine-protein and serine/threonine-protein kinase / Kinase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / cytoophidium / Signaling by LTK / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / WW domain binding / phosphorylation ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / cytoophidium / Signaling by LTK / clathrin-coated vesicle / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / WW domain binding / phosphorylation / clathrin-coated pit / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / adherens junction / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / : / SAM domain-like / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / Variant SH3 domain ...Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / : / SAM domain-like / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R7P / Activated CDC42 kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of human ACK1
著者: Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2020年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activated CDC42 kinase 1
B: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5795
ポリマ－65,5642
非ポリマー1,0153
水00
1
B: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子

A: Activated CDC42 kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5795
ポリマ－65,5642
非ポリマー1,0153
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y+1/2,-z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area24740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.638, 42.453, 92.014
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 117 - 390 / Label seq-ID: 11 - 284

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Activated CDC42 kinase 1 / ACK-1 / Tyrosine kinase non-receptor protein 2


分子量: 32781.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNK2, ACK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q07912, non-specific protein-tyrosine kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-R7P / 2-({4-[(3R,5S)-3,5-dimethylpiperazin-1-yl]-2-methoxyphenyl}amino)-9-methyl-5,7-dihydro-6H-pyrimido[5,4-d][1,3]benzodiazepin-6-one


分子量: 459.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H29N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→90.93 Å / Num. obs: 12433 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.1 % / Rrim(I) all: 0.104 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.87→3.11 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. unique obs: 2663 / Rrim(I) all: 0.528 / Rsym value: 0.436 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U46

1u46


解像度: 2.87→90.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.832 / SU B: 62.686 / SU ML: 0.556 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.577
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3296 626 5 %RANDOM
Rwork0.2704 ---
obs0.2733 11807 98.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.07 Å2 / Biso mean: 62.388 Å2 / Biso min: 26.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.31 Å2-0 Å2-0.28 Å2
2--0.82 Å20 Å2
3---7.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.87→90.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4287 0 71 0 4358
Biso mean--45.61 --
残基数----534
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194296
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4961.9795841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21639216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9265530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.8422.789190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.94815.059681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0851530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2641
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02994
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5294 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.87→2.945 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 45 -
Rwork0.374 878 -
all-923 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.6206-0.8734-2.5213.5551-0.43574.35410.0145-0.1578-0.40720.33740.056-0.0342-0.1122-0.1041-0.07050.65430.025-0.11710.5928-0.0570.066714.5061.507-1.427
26.4079-1.42161.13852.42451.28424.0634-0.03960.2933-0.45930.06520.285-0.32540.15050.4089-0.24540.55720.0033-0.08360.6428-0.15470.147917.636-4.667-25.233
33.2554-0.0185-0.02763.9131-0.42166.5502-0.1724-0.5394-0.3080.41950.00770.4525-0.0187-0.24470.16460.6202-0.0528-0.09110.63410.08570.2048-23.90310.421-13.042
44.528-0.66461.03953.80310.70293.4621-0.02150.03990.2954-0.048-0.15730.27440.00930.01710.17890.5473-0.1207-0.09630.56470.06050.0668-13.49410.034-35.627
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A117 - 207
2X-RAY DIFFRACTION2A208 - 390
3X-RAY DIFFRACTION3B117 - 207
4X-RAY DIFFRACTION4B208 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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