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万見
- PDB-6vh6: Crystal structure of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1, EBNA1,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vh6
タイトルCrystal structure of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1, EBNA1, bound to fragment
要素Epstein-Barr nuclear antigen 1
キーワードVIRAL PROTEIN / EBNA1 / DNA binding protein / Epstein-Barr Virus / viral protein-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell PML body / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / enzyme-substrate adaptor activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / endonuclease activity / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-6-methyl-2H-1-benzopyran-2-one / Epstein-Barr nuclear antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Messick, T.E. / Lieberman, P.M.
資金援助 英国, 米国, 2件
組織認可番号国
Wellcome TrustWT096496 英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R01CA186775 米国
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2020
タイトル: Biophysical Screens Identify Fragments That Bind to the Viral DNA-Binding Proteins EBNA1 and LANA.
著者: Messick, T.E. / Tolvinski, L. / Zartler, E.R. / Moberg, A. / Frostell, A. / Smith, G.R. / Reitz, A.B. / Lieberman, P.M.
履歴
登録2020年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epstein-Barr nuclear antigen 1
B: Epstein-Barr nuclear antigen 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9043
ポリマ－30,7272
非ポリマー1761
水8,179454
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Homo 2-mer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.516, 68.344, 69.687
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Epstein-Barr nuclear antigen 1 / EBV nuclear antigen 1


分子量: 15363.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: EBNA1, BKRF1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03211
#2: 化合物 ChemComp-QX4 / 4-hydroxy-6-methyl-2H-1-benzopyran-2-one / 4-ヒドロキシ-6-メチル-2H-1-ベンゾピラン-2-オン


分子量: 176.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 50 mM MES pH 6.5, 0-100 mM NaCl, 10 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月19日
放射モノクロメーター: Si (111) Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 69927 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.882 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allΧ2% possible all
3.53-506.50.0533.136550.9960.0541.09396.3
2.8-3.537.20.04136.436180.9980.0440.65299.8
2.45-2.87.30.04634.835740.9970.0490.693100
2.22-2.457.30.05633.235590.9970.061.031100
2.06-2.227.30.06231.335500.9960.0661.044100
1.94-2.067.30.0728.135220.9950.0760.964100
1.84-1.947.30.0942435260.9940.1021.356100
1.76-1.847.30.10218.835240.9930.110.842100
1.7-1.767.30.12615.535060.9910.1360.873100
1.64-1.77.30.15312.735120.9880.1640.844100
1.59-1.647.20.18510.434890.9820.1990.843100
1.54-1.597.20.2278.3535010.9760.2450.815100
1.5-1.546.90.3096.5135070.9510.3341.018100
1.46-1.56.20.3344.9734910.940.3650.84100
1.43-1.465.80.4193.6334770.9030.4610.778100
1.4-1.435.40.4832.8835000.8650.5350.67699.9
1.37-1.45.10.5522.3934380.8280.6160.67499.1
1.35-1.374.40.6731.8534390.7060.7640.84199
1.32-1.353.60.6971.3633490.6140.8130.62495.8
1.3-1.323.10.81.0331900.5570.9460.64391.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vhi

1vhi


解像度: 1.3→21.9965 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1608 --Random
Rwork0.15 ---
obs-62225 86.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→21.9965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2101 0 13 454 2568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912353
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00743228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0737360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6495894

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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