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Yorodumi- PDB-6vch: Crystal structure of Nitrosotalea devanaterra carotenoid cleavage... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vch | ||||||
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Title | Crystal structure of Nitrosotalea devanaterra carotenoid cleavage dioxygenase in complex with 3-hydroxy-beta-apo-14'-carotenal | ||||||
Components | carotenoid cleavage dioxygenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / non-heme iron enzyme / carotenoid / apocarotenoid / mononuclear iron / beta propeller / RPE65 / dioxygenase | ||||||
Function / homology | Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / metal ion binding / : / Chem-QVM / Putative dioxygenase Function and homology information | ||||||
Biological species | Candidatus Nitrosotalea devanaterra (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Daruwalla, A. / Shi, W. / Kiser, P.D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2020 Title: Structural basis for carotenoid cleavage by an archaeal carotenoid dioxygenase. Authors: Daruwalla, A. / Zhang, J. / Lee, H.J. / Khadka, N. / Farquhar, E.R. / Shi, W. / von Lintig, J. / Kiser, P.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vch.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vch.ent.gz | 923.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vch.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vch_validation.pdf.gz | 364.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6vch_full_validation.pdf.gz | 364 KB | Display | |
Data in XML | 6vch_validation.xml.gz | 1.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6vch_validation.cif.gz | 26.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vch | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6vcfC 6vcgSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _
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