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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v8c | |||||||||
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タイトル | Design, Synthesis, and Mechanism of Fluorine-substituted Cyclohexene Analogues of GAMA-Aminobutyric Acid (GABA) as Selective Ornithine Aminotransferase Inactivators | |||||||||
要素 | Ornithine aminotransferase, mitochondrial | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Human Ornithine Aminotransferase (hOAT) / Mechanism Based Inactivator / PLP Hepatocellular Carcinoma (HCC) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhu, W. / Doubleday, P.T. / Catlin, D.S. / Weerawarna, P. / Butrin, A. / Shen, S. / Kelleher, N.L. / Liu, D. / Silverman, R.B. | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Design, Synthesis, and Mechanism of Fluorine-substituted Cyclohexene Analogues of GAMA-Aminobutyric Acid (GABA) as Selective Ornithine Aminotransferase Inactivators 著者: Zhu, W. / Doubleday, P.T. / Catlin, D.S. / Weerawarna, P. / Butrin, A. / Shen, S. / Kelleher, N.L. / Liu, D. / Silverman, R.B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v8c.cif.gz | 492.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v8c.ent.gz | 404.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v8c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6v8c_validation.pdf.gz | 374.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6v8c_full_validation.pdf.gz | 377.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6v8c_validation.xml.gz | 2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6v8c_validation.cif.gz | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/6v8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/6v8c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44860.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OAT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04181, ornithine aminotransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16.5% PEG 1000 240 mM NaCl 25% glycerol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→27.99 Å / Num. obs: 92236 / % possible obs: 96.22 % / 冗長度: 18.4 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 1.34 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.92 Å / Num. unique obs: 2515 / CC1/2: 0.932 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1OAT 解像度: 1.9→27.97 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.14 Å2 / Biso mean: 24.5382 Å2 / Biso min: 3.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→27.97 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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