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Yorodumi- PDB-6v8c: Design, Synthesis, and Mechanism of Fluorine-substituted Cyclohex... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6v8c | |||||||||
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Title | Design, Synthesis, and Mechanism of Fluorine-substituted Cyclohexene Analogues of GAMA-Aminobutyric Acid (GABA) as Selective Ornithine Aminotransferase Inactivators | |||||||||
Components | Ornithine aminotransferase, mitochondrial | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Human Ornithine Aminotransferase (hOAT) / Mechanism Based Inactivator / PLP Hepatocellular Carcinoma (HCC) | |||||||||
Function / homology | Function and homology information arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | |||||||||
Authors | Zhu, W. / Doubleday, P.T. / Catlin, D.S. / Weerawarna, P. / Butrin, A. / Shen, S. / Kelleher, N.L. / Liu, D. / Silverman, R.B. | |||||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Design, Synthesis, and Mechanism of Fluorine-substituted Cyclohexene Analogues of GAMA-Aminobutyric Acid (GABA) as Selective Ornithine Aminotransferase Inactivators Authors: Zhu, W. / Doubleday, P.T. / Catlin, D.S. / Weerawarna, P. / Butrin, A. / Shen, S. / Kelleher, N.L. / Liu, D. / Silverman, R.B. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6v8c.cif.gz | 492.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6v8c.ent.gz | 404.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6v8c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6v8c_validation.pdf.gz | 374.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6v8c_full_validation.pdf.gz | 377.9 KB | Display | |
Data in XML | 6v8c_validation.xml.gz | 2 KB | Display | |
Data in CIF | 6v8c_validation.cif.gz | 18.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/6v8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/6v8c | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6v8dC 1oatS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44860.320 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: OAT / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P04181, ornithine aminotransferase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 16.5% PEG 1000 240 mM NaCl 25% glycerol. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→27.99 Å / Num. obs: 92236 / % possible obs: 96.22 % / Redundancy: 18.4 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 1.34 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.92 Å / Num. unique obs: 2515 / CC1/2: 0.932 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1OAT Resolution: 1.9→27.97 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 40.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.14 Å2 / Biso mean: 24.5382 Å2 / Biso min: 3.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→27.97 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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