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- PDB-6v6k: EGFR(T790M/V948R) in complex with LN2057 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v6k
タイトルEGFR(T790M/V948R) in complex with LN2057
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / egfr / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / Shc-EGFR complex / positive regulation of protein kinase C signaling / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / epidermal growth factor binding / response to UV-A ...multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / Shc-EGFR complex / positive regulation of protein kinase C signaling / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / epidermal growth factor binding / response to UV-A / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / morphogenesis of an epithelial fold / PTK6 promotes HIF1A stabilization / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / digestive tract morphogenesis / Signaling by EGFR / intracellular vesicle / eyelid development in camera-type eye / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cerebral cortex cell migration / protein insertion into membrane / ERBB2 Regulates Cell Motility / protein tyrosine kinase activator activity / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / Signaling by ERBB4 / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / GAB1 signalosome / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / embryonic placenta development / salivary gland morphogenesis / Signaling by ERBB2 / GRB2 events in EGFR signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / SHC1 events in EGFR signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / EGFR Transactivation by Gastrin / GRB2 events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / ossification / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / basal plasma membrane / positive regulation of DNA repair / cellular response to epidermal growth factor stimulus / EGFR downregulation / positive regulation of DNA replication / epithelial cell proliferation / Signal transduction by L1 / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to amino acid stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to estradiol stimulus / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Downregulation of ERBB2 signaling / cell-cell adhesion / receptor protein-tyrosine kinase / Signaling by ERBB2 ECD mutants / negative regulation of protein catabolic process / Signaling by ERBB2 KD Mutants / positive regulation of miRNA transcription / kinase binding / ruffle membrane / epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / cell morphogenesis / neuron differentiation / positive regulation of fibroblast proliferation / HCMV Early Events / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / actin filament binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / cell junction / transmembrane signaling receptor activity / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / PIP3 activates AKT signaling / virus receptor activity / ATPase binding / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / double-stranded DNA binding / protein tyrosine kinase activity / early endosome membrane / protein phosphatase binding / nuclear membrane / basolateral plasma membrane / learning or memory / Extra-nuclear estrogen signaling / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QQJ / Epidermal growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Heppner, D.E. / Eck, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA201049 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for EGFR Mutant Inhibition by Trisubstituted Imidazole Inhibitors.
著者: Heppner, D.E. / Gunther, M. / Wittlinger, F. / Laufer, S.A. / Eck, M.J.
履歴
登録2019年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Epidermal growth factor receptor
A: Epidermal growth factor receptor
B: Epidermal growth factor receptor
C: Epidermal growth factor receptor
E: Epidermal growth factor receptor
F: Epidermal growth factor receptor
G: Epidermal growth factor receptor
H: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,24224
ポリマ－299,1388
非ポリマー4,10416
水12,809711
1
D: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子

B: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8116
ポリマ－74,7852
非ポリマー1,0264
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area26790 Å2
手法PISA
2
A: Epidermal growth factor receptor
H: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8116
ポリマ－74,7852
非ポリマー1,0264
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area26590 Å2
手法PISA
3
C: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子

G: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8116
ポリマ－74,7852
非ポリマー1,0264
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y+1/2,-z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area26630 Å2
手法PISA
4
E: Epidermal growth factor receptor
F: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8116
ポリマ－74,7852
非ポリマー1,0264
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area26690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.599, 102.455, 174.043
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 701 through 862 or resid 877 through 921 or resid 923 through 1301))
21(chain B and (resid 701 through 921 or resid 923 through 984 or resid 987 through 1301))
31(chain C and (resid 701 through 862 or resid 877...
41(chain D and (resid 701 through 862 or resid 877...
51(chain E and (resid 701 through 862 or resid 877...
61(chain F and (resid 701 through 862 or resid 877...
71(chain G and (resid 701 through 862 or resid 877...
81(chain H and (resid 701 through 862 or resid 877...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 701 through 862 or resid 877 through 921 or resid 923 through 1301))A701 - 862
121(chain A and (resid 701 through 862 or resid 877 through 921 or resid 923 through 1301))A877 - 921
131(chain A and (resid 701 through 862 or resid 877 through 921 or resid 923 through 1301))A923 - 1301
211(chain B and (resid 701 through 921 or resid 923 through 984 or resid 987 through 1301))B701 - 921
221(chain B and (resid 701 through 921 or resid 923 through 984 or resid 987 through 1301))B923 - 984
231(chain B and (resid 701 through 921 or resid 923 through 984 or resid 987 through 1301))B987 - 1301
311(chain C and (resid 701 through 862 or resid 877...C701 - 862
321(chain C and (resid 701 through 862 or resid 877...C877 - 921
331(chain C and (resid 701 through 862 or resid 877...C923 - 984
341(chain C and (resid 701 through 862 or resid 877...C987 - 1301
411(chain D and (resid 701 through 862 or resid 877...D701 - 862
421(chain D and (resid 701 through 862 or resid 877...D877 - 921
431(chain D and (resid 701 through 862 or resid 877...D923 - 984
441(chain D and (resid 701 through 862 or resid 877...D987 - 1201
451(chain D and (resid 701 through 862 or resid 877...D1401
511(chain E and (resid 701 through 862 or resid 877...E701 - 862
521(chain E and (resid 701 through 862 or resid 877...E877 - 921
531(chain E and (resid 701 through 862 or resid 877...E923 - 984
541(chain E and (resid 701 through 862 or resid 877...E987 - 1301
611(chain F and (resid 701 through 862 or resid 877...F701 - 862
621(chain F and (resid 701 through 862 or resid 877...F877 - 921
631(chain F and (resid 701 through 862 or resid 877...F923 - 984
641(chain F and (resid 701 through 862 or resid 877...F987 - 1301
711(chain G and (resid 701 through 862 or resid 877...G701 - 862
721(chain G and (resid 701 through 862 or resid 877...G877 - 921
731(chain G and (resid 701 through 862 or resid 877...G923 - 984
741(chain G and (resid 701 through 862 or resid 877...G987 - 1301
811(chain H and (resid 701 through 862 or resid 877...H701 - 862
821(chain H and (resid 701 through 862 or resid 877...H877 - 921
831(chain H and (resid 701 through 862 or resid 877...H923 - 984
841(chain H and (resid 701 through 862 or resid 877...H987 - 1301

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要素

#1: タンパク質
Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37392.285 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1 / プラスミド: pEX / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-QQJ / N-[3-({4-[4-(4-fluorophenyl)-2-(methylsulfanyl)-1H-imidazol-5-yl]pyridin-2-yl}amino)-4-methoxyphenyl]propanamide


分子量: 477.554 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24FN5O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→85.36 Å / Num. obs: 117626 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 369134 / Scaling rejects: 205
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.1 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.260.5522700688400.820.3630.663295.9
9.84-85.360.027412613220.9990.0170.03216.689.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5d41

5d41


解像度: 2.2→85.35 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2394 5816 4.96 %
Rwork0.2139 111439 -
obs0.2152 117255 93.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.76 Å2 / Biso mean: 36.539 Å2 / Biso min: 11.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→85.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19714 0 280 711 20705
Biso mean--29.34 38.02 -
残基数----2454
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A10290X-RAY DIFFRACTION17.348TORSIONAL
12B10290X-RAY DIFFRACTION17.348TORSIONAL
13C10290X-RAY DIFFRACTION17.348TORSIONAL
14D10290X-RAY DIFFRACTION17.348TORSIONAL
15E10290X-RAY DIFFRACTION17.348TORSIONAL
16F10290X-RAY DIFFRACTION17.348TORSIONAL
17G10290X-RAY DIFFRACTION17.348TORSIONAL
18H10290X-RAY DIFFRACTION17.348TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.220.35371620.27733802396495
2.22-2.250.29531870.26653745393295
2.25-2.280.3061800.26373811399196
2.28-2.310.31981760.2613796397296
2.31-2.340.29121950.25843726392195
2.34-2.370.30881920.24753768396095
2.37-2.40.29132240.24793729395395
2.4-2.440.27871730.24613695386893
2.44-2.480.30511880.26563570375891
2.48-2.520.29391740.25283348352285
2.52-2.560.30881550.25693875403095
2.56-2.610.26281950.24913785398097
2.61-2.660.30121750.23863846402196
2.66-2.710.28392240.23653743396796
2.71-2.770.25662180.23473826404496
2.77-2.840.27232270.23893688391595
2.84-2.910.26921860.23423736392294
2.91-2.990.2642180.23273665388393
2.99-3.070.23872080.23683334354286
3.07-3.170.25671830.22913724390794
3.17-3.290.25312180.22043855407397
3.29-3.420.24161820.21593853403596
3.42-3.570.24421960.20483789398596
3.57-3.760.19981990.19313746394594
3.76-40.18242060.18393477368388
4-4.310.17722090.16843664387392
4.31-4.740.18492080.1673814402296
4.74-5.420.2232020.18363748395094
5.42-6.830.23021590.2053579373889
6.83-85.350.20711970.19093702389990

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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