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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v2f | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the HIV capsid hexamer bound to the small molecule long-acting inhibitor, GS-6207 | ||||||
要素 | HIV-1 capsid | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / HIV capsid / capsid assembly accelerator / long-acting inhibitor / antiviral | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding via host ESCRT complex / viral process / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity ...viral budding via host ESCRT complex / viral process / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Appleby, T.C. / Link, J.O. / Yant, S.R. / Villasenor, A.G. / Somoza, J.R. / Hu, E.Y. / Schroeder, S.D. / Cihlar, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Clinical targeting of HIV capsid protein with a long-acting small molecule. 著者: Link, J.O. / Rhee, M.S. / Tse, W.C. / Zheng, J. / Somoza, J.R. / Rowe, W. / Begley, R. / Chiu, A. / Mulato, A. / Hansen, D. / Singer, E. / Tsai, L.K. / Bam, R.A. / Chou, C.H. / Canales, E. / ...著者: Link, J.O. / Rhee, M.S. / Tse, W.C. / Zheng, J. / Somoza, J.R. / Rowe, W. / Begley, R. / Chiu, A. / Mulato, A. / Hansen, D. / Singer, E. / Tsai, L.K. / Bam, R.A. / Chou, C.H. / Canales, E. / Brizgys, G. / Zhang, J.R. / Li, J. / Graupe, M. / Morganelli, P. / Liu, Q. / Wu, Q. / Halcomb, R.L. / Saito, R.D. / Schroeder, S.D. / Lazerwith, S.E. / Bondy, S. / Jin, D. / Hung, M. / Novikov, N. / Liu, X. / Villasenor, A.G. / Cannizzaro, C.E. / Hu, E.Y. / Anderson, R.L. / Appleby, T.C. / Lu, B. / Mwangi, J. / Liclican, A. / Niedziela-Majka, A. / Papalia, G.A. / Wong, M.H. / Leavitt, S.A. / Xu, Y. / Koditek, D. / Stepan, G.J. / Yu, H. / Pagratis, N. / Clancy, S. / Ahmadyar, S. / Cai, T.Z. / Sellers, S. / Wolckenhauer, S.A. / Ling, J. / Callebaut, C. / Margot, N. / Ram, R.R. / Liu, Y.P. / Hyland, R. / Sinclair, G.I. / Ruane, P.J. / Crofoot, G.E. / McDonald, C.K. / Brainard, D.M. / Lad, L. / Swaminathan, S. / Sundquist, W.I. / Sakowicz, R. / Chester, A.E. / Lee, W.E. / Daar, E.S. / Yant, S.R. / Cihlar, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v2f.cif.gz | 296.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v2f.ent.gz | 219.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v2f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6v2f_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6v2f_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6v2f_validation.xml.gz | 54.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6v2f_validation.cif.gz | 75.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/6v2f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3h47S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25592.469 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0, UniProt: P12493*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-QNG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 12% PEG 3350, 0.2 M sodium thiocyanate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→29.92 Å / Num. obs: 105922 / % possible obs: 98.66 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 29.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 18.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 10274 / CC1/2: 0.758 / Rpim(I) all: 0.427 / Rrim(I) all: 0.905 / % possible all: 90.82 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3H47 解像度: 2→29.92 Å / SU ML: 0.2338 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.0908 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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