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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6unm | ||||||
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タイトル | CYP3A4 bound to an inhibitor | ||||||
![]() | Cytochrome P450 3A4 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / CYP3A4 / inhibitor / complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process ...quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / caffeine oxidase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / estrogen 2-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / vitamin D metabolic process / Atorvastatin ADME / oxidative demethylation / steroid catabolic process / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / long-chain fatty acid biosynthetic process / estrogen metabolic process / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / Prednisone ADME / unspecific monooxygenase / aromatase activity / Aspirin ADME / steroid metabolic process / androgen metabolic process / steroid hydroxylase activity / xenobiotic catabolic process / monooxygenase activity / steroid binding / xenobiotic metabolic process / cholesterol metabolic process / lipid metabolic process / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / heme binding / enzyme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sevrioukova, I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An increase in side-group hydrophobicity largely improves the potency of ritonavir-like inhibitors of CYP3A4. 著者: Samuels, E.R. / Sevrioukova, I.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 374.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 307.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55757.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P08684, unspecific monooxygenase, 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase, albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming), quinine 3-monooxygenase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-QDP / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: PEG 3350, sodium malonate / PH範囲: 6.0-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月19日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.83→76.98 Å / Num. obs: 25711 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 104.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 115703 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5VCC 解像度: 2.83→62.295 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.09
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 374.5 Å2 / Biso mean: 153.6147 Å2 / Biso min: 46.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.83→62.295 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 24.1724 Å / Origin y: -25.6182 Å / Origin z: 30.3904 Å
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精密化 TLSグループ |
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