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- PDB-6unm: CYP3A4 bound to an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6unm
タイトルCYP3A4 bound to an inhibitor
要素Cytochrome P450 3A4
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / CYP3A4 / inhibitor / complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity ...quinine 3-monooxygenase / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase / albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming) / quinine 3-monooxygenase activity / 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / retinoic acid 4-hydroxylase activity / aflatoxin metabolic process / caffeine oxidase activity / lipid hydroxylation / testosterone 6-beta-hydroxylase activity / anandamide 8,9 epoxidase activity / anandamide 11,12 epoxidase activity / anandamide 14,15 epoxidase activity / alkaloid catabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / Biosynthesis of maresin-like SPMs / monoterpenoid metabolic process / vitamin D metabolic process / estrogen 2-hydroxylase activity / oxidative demethylation / steroid catabolic process / Atorvastatin ADME / steroid hydroxylase activity / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / long-chain fatty acid biosynthetic process / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / estrogen metabolic process / unspecific monooxygenase / Prednisone ADME / Aspirin ADME / steroid metabolic process / androgen metabolic process / xenobiotic catabolic process / steroid binding / xenobiotic metabolic process / cholesterol metabolic process / monooxygenase activity / oxygen binding / lipid metabolic process / oxidoreductase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group II / Cytochrome P450, E-class, CYP3A / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-QDP / Cytochrome P450 3A4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Sevrioukova, I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES025767 米国
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: An increase in side-group hydrophobicity largely improves the potency of ritonavir-like inhibitors of CYP3A4.
著者: Samuels, E.R. / Sevrioukova, I.F.
履歴
登録2019年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 3A4
B: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,3665
ポリマ－111,5162
非ポリマー1,8513
水00
1
B: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子

B: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,7494
ポリマ－111,5162
非ポリマー1,2332
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
2
A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,9846
ポリマ－111,5162
非ポリマー2,4694
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area38200 Å2
手法PISA
3
A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子

B: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子

B: Cytochrome P450 3A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,73310
ポリマ－223,0314
非ポリマー3,7026
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation3_454x-1/2,y+1/2,z-11
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
Buried area10280 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area72390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.530, 97.910, 92.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.570, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 3A4 / 1 / 8-cineole 2-exo-monooxygenase / Albendazole monooxygenase / Albendazole sulfoxidase / CYPIIIA3 ...1 / 8-cineole 2-exo-monooxygenase / Albendazole monooxygenase / Albendazole sulfoxidase / CYPIIIA3 / CYPIIIA4 / Cholesterol 25-hydroxylase / Cytochrome P450 3A3 / Cytochrome P450 HLp / Cytochrome P450 NF-25 / Cytochrome P450-PCN1 / Nifedipine oxidase / Quinine 3-monooxygenase / Taurochenodeoxycholate 6-alpha-hydroxylase


分子量: 55757.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP3A4, CYP3A3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: P08684, unspecific monooxygenase, 1,8-cineole 2-exo-monooxygenase, albendazole monooxygenase (sulfoxide-forming), quinine 3-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-QDP / tert-butyl [(2S)-1-(naphthalen-1-yl)-3-{[(2S)-3-(naphthalen-1-yl)-1-oxo-1-{(E)-[2-(pyridin-3-yl)ethylidene]amino}propan-2-yl]sulfanyl}propan-2-yl]carbamate


分子量: 617.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H39N3O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: PEG 3350, sodium malonate / PH範囲: 6.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月19日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→76.98 Å / Num. obs: 25711 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 104.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 115703
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.83-2.984.51.6881687637750.3880.8851.9160.897.3
8.95-76.984.30.03436568450.9990.0190.03929.296.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VCC

5vcc


解像度: 2.83→62.295 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2818 1191 4.64 %
Rwork0.2306 --
obs0.2329 25653 96.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 374.5 Å2 / Biso mean: 153.6147 Å2 / Biso min: 46.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.83→62.295 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6920 0 131 0 7051
Biso mean--108.68 --
残基数----864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8849864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461084
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5274376
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.83-2.94330.42341040.4052274997
2.9433-3.07730.40381410.3611263995
3.0773-3.23950.39281430.3248260994
3.2395-3.44250.32991120.293279199
3.4425-3.70820.33171350.2816274198
3.7082-4.08130.29361220.2438270595
4.0813-4.67180.27441380.2142273798
4.6718-5.88520.28491650.2306272097
5.8852-62.2950.22781310.1852277196
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.1724 Å / Origin y: -25.6182 Å / Origin z: 30.3904 Å
111213212223313233
T0.6634 Å2-0.0673 Å2-0.0534 Å2-0.5685 Å20.0889 Å2--0.6214 Å2
L0.6268 °2-0.3681 °20.2522 °2-0.4376 °2-0.9327 °2--1.6995 °2
S-0.0645 Å °-0.0634 Å °-0.0375 Å °0.2424 Å °-0.0586 Å °-0.2751 Å °-0.2619 Å °-0.035 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA28 - 700
2X-RAY DIFFRACTION1allB29 - 495
3X-RAY DIFFRACTION1allB500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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