PDB-6ugl: Vibrio cholerae quorum-sensing receptor VqmA bound to its autoind...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ugl

タイトル

Vibrio cholerae quorum-sensing receptor VqmA bound to its autoinducer ligand DPO

要素

Helix-turn-helix transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcriptional activator protein of quorum sensing genes / 3 / 5-dimethylpyrazin-2-ol (DPO)

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Paczkowski, J.E. / Huang, X. / Jeffrey, P.D.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	5R37GM065859	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB-1713731	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Mechanism underlying autoinducer recognition in theVibrio choleraeDPO-VqmA quorum-sensing pathway.
著者: Huang, X. / Duddy, O.P. / Silpe, J.E. / Paczkowski, J.E. / Cong, J. / Henke, B.R. / Bassler, B.L.

履歴

登録	2019年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年3月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2025年11月19日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / audit_author / cell / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_PDB_caveat / entity / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range Item: _cell.volume / _chem_comp.formula ..._cell.volume / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.number_obs / _struct.title 解説: Model completeness 詳細: Residues have been added, some conformations have been changed, waters have been added, and you'll notice that Rwork and Rfree are considerably lower. The S-S bond is real, and was missing ...詳細: Residues have been added, some conformations have been changed, waters have been added, and you'll notice that Rwork and Rfree are considerably lower. The S-S bond is real, and was missing from the original model. Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

類似構造データ	6kju-d 4a75-d 6ymf-d 3vvo-d 2vmx-d 3stb-d 4w1u-1 6n9o-1 2vib-d 3qkx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Helix-turn-helix transcriptional regulator

B: Helix-turn-helix transcriptional regulator

ヘテロ分子

55.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.459, 84.680, 116.042
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Helix-turn-helix transcriptional regulator / LuxR family transcriptional regulator / PAS domain S-box protein / Transcriptional regulator / LuxR family 分子量: 27554.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786 (コレラ菌) 遺伝子: C9J66_03310, EC575_07960, EN12_18880, ERS013215_03763, EYB64_07770 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F0AZW0
#2: 化合物	ChemComp-QOS / 3,5-dimethylpyrazin-2(1H)-one 分子量: 124.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.1 M Tris pH 7.3, 16% PEG3350 and 0.2 M sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X17B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→28.9 Å / Num. obs: 32521 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 34.51 Å² / R_rim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 12.56
反射シェル	解像度: 2.03→2.1 Å / Num. unique obs: 2905 / R_rim(I) all: 0.78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.03→28.86 Å / SU ML: 0.2854 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.3787
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2773	1990	6.12 %
R_work	0.2133	30531	-
obs	0.2171	32521	98.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→28.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3414	0	18	165	3597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	3511
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7638	4751
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0509	529
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	602
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.5447	1265

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.08	0.416	121	0.3377	1855	X-RAY DIFFRACTION	86.1
2.08-2.14	0.3687	140	0.3105	2169	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.14-2.2	0.4097	142	0.2684	2164	X-RAY DIFFRACTION	99.18
2.2-2.27	0.321	141	0.2573	2165	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.27-2.35	0.3278	142	0.2406	2162	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.35-2.44	0.2831	141	0.243	2176	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.44-2.56	0.3407	142	0.2371	2167	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.56-2.69	0.3162	141	0.2406	2183	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.69-2.86	0.3248	143	0.2342	2197	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.86-3.08	0.3271	145	0.2313	2214	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.08-3.39	0.2784	145	0.2193	2220	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.39-3.88	0.2588	145	0.1872	2242	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.88-4.88	0.2141	147	0.1628	2241	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4.88-28.86	0.2198	155	0.1977	2376	X-RAY DIFFRACTION	99.88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.64963309797	-0.103357729568	0.00651494237999	0.614750357443	0.169610592282	0.400065092138	-0.00309683402486	0.0562167969299	-0.459408848121	0.026046262566	0.0111679147105	0.0109915543202	0.0905959860349	-0.0405698627229	-0.00694082965996	0.222239602134	-0.00724968386192	0.000439588855311	0.222593566421	0.00578083225069	0.468338032342	31.4254093466	32.5081494484	45.3382232752
2	3.67235913231	0.516200093245	-0.3995566875	3.95253343681	-2.08133248542	3.0886690492	-0.0496866672014	0.467598649419	0.44227924356	-0.0302595240017	0.0811964691193	-0.0826857737252	-0.139072950219	0.0599226033432	-0.0349130294452	0.320799868575	0.012303984365	-0.00909281526004	0.410580602993	0.185108444285	0.616589130741	30.6067656594	58.4048065964	35.1845593386
3	8.01757768771	5.28865958015	-5.46752964198	3.75528213005	-3.62098769839	3.76313603776	0.0937804344786	-0.467664667763	-1.42682419941	0.0178579340257	-0.466041933461	0.401726719477	0.324702686236	0.571113090437	0.321224208122	0.278039868643	0.0256259433917	0.00169727082352	0.342096861146	0.0397585004473	0.691259010109	41.1118737585	22.1510133429	47.8391252252
4	6.03404687212	-0.28345647213	1.01022341354	1.14046667655	-2.42570713494	6.04278763063	0.0403171533641	0.0940134235532	-0.281009214403	-0.198384107517	-0.0666369656108	-0.102127793321	0.274525586643	0.230397780308	0.0146413586853	0.236046731978	-0.00654372024632	-0.017740385684	0.204196153392	-0.0245413681031	0.501825414886	56.304470574	33.2301456936	50.5458951189
5	1.97864048561	0.316831652063	1.78277287488	2.9330969283	-0.600853036888	2.01457124056	0.144608074753	-0.728999943446	0.0105601869495	0.371284083553	-0.167374669443	-0.0324403682144	-0.81497773622	0.351676974892	-0.0951956664562	0.346452591373	0.0243903672731	-0.0244135033573	0.328757089165	-0.113686851844	0.516421201145	56.3576279205	45.2645996554	58.8650254369
6	5.57510506242	-0.311474523803	-3.65970418799	1.07416434072	-1.04251771811	7.18599304382	0.00162531650565	-0.228888288462	-0.0766468306316	-0.020578902005	0.0721724533349	-0.00837103312282	-0.054795365612	-0.199379900584	-0.106855242025	0.208079136551	-0.0122872844	-0.0141028994196	0.232989461431	0.0114763490771	0.450836572451	50.1467844533	41.4721006552	52.7943405437
7	2.73148024207	-0.280981373835	0.351388454301	6.44333473878	0.464215731831	3.15113262566	-0.00842086334402	0.382178658472	0.765777251317	-0.0646146901455	0.146258192128	0.361026255506	-0.536612441447	-0.0842558637647	-0.12383697725	0.410993443797	0.0439819802759	-0.0270362397543	0.378820275443	0.0529107703336	0.790930065797	48.6054041349	60.4881539537	43.6162914228
8	4.55067555247	5.52359408769	-4.16965201863	6.95354127999	-4.64914455003	4.42230522215	0.121700346494	-0.285561522118	-0.632960419685	0.891904050913	-0.384062255731	-0.642949220415	-1.10909462969	1.14029812152	0.263867690154	0.553501377824	-0.110445320939	-0.0453125827853	0.482235242715	-0.147347664988	0.815549905676	62.0530641013	59.9179127505	52.3455428814
9	3.94363604288	-4.4942466405	0.450334006892	5.22836568684	-0.873973928083	2.19503750443	-0.425192256288	0.0513517286504	1.34886352298	0.64143266148	0.290441774247	-0.326588027381	-1.05797569611	0.676736522321	0.139761448052	0.861505503361	-0.349484886951	-0.042114501815	0.557709225324	-0.0684962867514	1.06467152191	60.76969523	71.6753807298	50.120860598
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11	0.654305457905	-1.55463406773	1.76779897216	7.34752626924	-3.63198346644	5.45040603218	-0.0542374348342	0.147978695005	1.10396850264	0.318890760749	0.346863097748	-0.0198550967157	-0.41967378758	-0.546383770898	-0.300879532345	0.276805885324	0.0204050880572	-0.0282950334672	0.347959897981	0.0148019007446	0.658715627075	49.7862326817	56.1876464589	48.610170303

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 120 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 121 through 238 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 4 through 15 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 16 through 58 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 59 through 77 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 78 through 120 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 121 through 168 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 169 through 183 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 184 through 197 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 198 through 212 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 213 through 237 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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