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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ufs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ketosteroid isomerase from Pseudomonas putida (pKSI) bound to 5 alpha-dihydronandrolone | ||||||
![]() | Steroid Delta-isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, Y. / Boxer, S.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Preorganized Electric Field Leads to Minimal Geometrical Reorientation in the Catalytic Reaction of Ketosteroid Isomerase. 著者: Wu, Y. / Fried, S.D. / Boxer, S.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 925.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 913.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5d81S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15015.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-Q6J / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.67 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 1.1-1.4 M ammonium sulfate, 40 mM potassium phosphate, 3-6% isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月30日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.35→36.74 Å / Num. obs: 55224 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/av σ(I): 7.2 / Net I/σ(I): 7.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 5D81 解像度: 1.47→36.74 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.25 Å2 / Biso mean: 23.427 Å2 / Biso min: 7.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.47→36.74 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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