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万見
- PDB-6ttz: Structure of the ClpP:ADEP4-complex from Staphylococcus aureus (o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ttz
タイトルStructure of the ClpP:ADEP4-complex from Staphylococcus aureus (open state)
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
キーワードHYDROLASE / caseinolytic protease / allosteric regulation / activator complex / extended conformation / open state
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NWT / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Malik, I.T. / Pereira, R. / Vielberg, M.-T. / Mayer, C. / Straetener, J. / Thomy, D. / Famulla, K. / Castro, H.C. / Sass, P. / Groll, M. / Broetz-Oesterheldt, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB1035 ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2020
タイトル: Functional Characterisation of ClpP Mutations Conferring Resistance to Acyldepsipeptide Antibiotics in Firmicutes.
著者: Malik, I.T. / Pereira, R. / Vielberg, M.T. / Mayer, C. / Straetener, J. / Thomy, D. / Famulla, K. / Castro, H. / Sass, P. / Groll, M. / Brotz-Oesterhelt, H.
履歴
登録2019年12月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,44714
ポリマ－158,0517
非ポリマー5,3967
水6,107339
1
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,89428
ポリマ－316,10214
非ポリマー10,79214
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
Buried area56990 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area97580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.520, 96.520, 586.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp


分子量: 22578.680 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: clpP, clpP_1, clpP_2, BN1321_180012, BTN44_08670, C7P97_11805, CSC83_03355, CSC87_04280, DB727_01400, E3A28_04745, E4U00_01395, EP54_12650, EQ90_03850, ERS072840_01646, ERS140147_01605, ...遺伝子: clpP, clpP_1, clpP_2, BN1321_180012, BTN44_08670, C7P97_11805, CSC83_03355, CSC87_04280, DB727_01400, E3A28_04745, E4U00_01395, EP54_12650, EQ90_03850, ERS072840_01646, ERS140147_01605, FA040_07130, FVP29_07535, HMPREF3211_00508, M1K003_1188, NCTC10654_00875, NCTC10702_01301, NCTC5664_02933, NCTC7878_03438, NCTC7988_00802, RK64_04595, SAMEA2445518_01089
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A077UUA2, UniProt: Q2G036*PLUS, endopeptidase Clp
#2: 化合物
ChemComp-NWT / N-[(2S)-3-(3,5-difluorophenyl)-1-[[(3S,9S,13S,15R,19S,22S)-15,19-dimethyl-2,8,12,18,21-pentaoxo-11-oxa-1,7,17,20-tetrazatetracyclo[20.4.0.03,7.013,17]hexacosan-9-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]heptanamide


分子量: 770.862 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H52F2N6O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 3.5 M Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 80457 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 10005 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V5E

3v5e


解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 13.958 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.21
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2383 4021 5 %RANDOM
Rwork0.2035 ---
obs0.2093 76395 95.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.88 Å2 / Biso mean: 41.018 Å2 / Biso min: 23.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20.45 Å20 Å2
2--0.9 Å20 Å2
3----2.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10205 0 385 339 10929
Biso mean--42.35 41.06 -
残基数----1322
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0210755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2542.01314548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.49651315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.39625.355465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.909151901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6391559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217990
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.562310754
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.1095219
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.463510716
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 293 -
Rwork0.269 5578 -
all-5871 -
obs--98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08160.08130.07260.1354-0.02080.2242-0.0066-0.0202-0.01090.00360.0093-0.0146-0.0201-0.0733-0.00270.00250.01020.00480.05410.00140.080311.0593-25.1995-21.7236
20.0074-0.0295-0.02320.14870.05420.2428-0.005-0.0004-0.0090.01810.00110.00450.0203-0.04420.00390.0152-0.02710.0030.06290.01210.076913.3149-51.7139-24.5892
30.1553-0.0823-0.08460.0496-0.00310.4619-0.0058-0.0157-0.0067-0.00260.0118-0.00140.0578-0.0327-0.0060.0476-0.0211-0.00090.01270.0080.087736.0113-65.8931-26.8334
40.11020.04060.01730.0168-0.01490.24830.0124-0.0192-0.00970.0018-0.0108-0.00240.02850.0149-0.00160.03030.0176-0.00180.01820.00990.090860.991-57.1232-26.8862
50.04310.0305-0.02430.0450.02920.2358-0.0033-0.01750.00540.0135-0.0019-0.01060.00880.03310.00520.01690.0053-0.01220.0320.01640.086470.099-32.4016-25.0503
60.0509-0.06890.01770.0947-0.00770.3507-0.0145-0.00340.01030.01560.0085-0.0114-0.03430.0340.0060.0328-0.0147-0.01550.01070.01280.094656.3071-9.9606-22.4843
70.13060.00530.08570.00190.00220.2737-0.006-0.0058-0.0050.00810.0013-0.0045-0.0336-0.02830.00470.04650.0151-0.00690.00670.00480.088230.0406-6.5427-21.3728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 901
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 901
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 901
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 901
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 901
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 901
7X-RAY DIFFRACTION7G3 - 901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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