PDB-6tpx: N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH 1-((1-acetylpiperidin-4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tpx

タイトル

N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH 1-((1-acetylpiperidin-4-yl)methyl)-2-(4-hydroxy-3,5-dimethylphenyl)-N-methyl-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxamide

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of a Bromodomain and Extraterminal Inhibitor with a Low Predicted Human Dose through Synergistic Use of Encoded Library Technology and Fragment Screening.
著者: Wellaway, C.R. / Amans, D. / Bamborough, P. / Barnett, H. / Bit, R.A. / Brown, J.A. / Carlson, N.R. / Chung, C.W. / Cooper, A.W.J. / Craggs, P.D. / Davis, R.P. / Dean, T.W. / Evans, J.P. / ...

履歴

登録	2019年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tpx.cif.gz	69.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tpx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tpx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tpx_validation.pdf.gz	716.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tpx_full_validation.pdf.gz	716.6 KB	表示
XML形式データ	6tpx_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	6tpx_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/6tpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/6tpx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tpyC 6tpzC 6tq1C 6tq2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wmg-d 4clb-d 6uls-d 6e4a-1 4o7f-2 5dw2-d 6xuz-d 4bw3-d 4ogj-2 6x7c-d 5vzs-1 6xv3-2 6wgx-1 6mau-d 5n2m-d 4o76-2 4mr3-d 5nnc-1 5d3j-d 4j3i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.868, 48.684, 57.629
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-NUW / 2-(3,5-dimethyl-4-oxidanyl-phenyl)-1-[(1-ethanoylpiperidin-4-yl)methyl]-~{N}-methyl-benzimidazole-5-carboxamide / 1-((1-acetylpiperidin-4-yl)methyl)-2-(4-hydroxy-3,5-dimethylphenyl)-N-methyl-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxamide 分子量: 434.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₀N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20% PEG6000, 0.2M NH4Cl, 0.1M tris pH8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→57.63 Å / Num. obs: 19018 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 28
反射シェル	解像度: 1.48→1.53 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.128 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique obs: 1344

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: non published structure

解像度: 1.48→37.218 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 2.365 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1814	978	5.155 %
R_work	0.1552	-	-
all	0.156	-	-
obs	-	18971	95.471 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.439 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.047 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.195 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.242 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→37.218 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1061	0	44	214	1319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.222	1.711	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.283	1.609	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.76	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.14	25.254	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.753	15	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.108	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	209
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.16	0.2	944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	413
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.124	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.949	2.045	511
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.947	2.042	510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.618	4.59	638
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.618	4.594	639
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.398	2.329	637
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.397	2.336	638
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.319	5.042	922
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.318	5.053	923
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.166	20.783	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.164	20.812	1427

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.48-1.516	0.214	52	0.176	924	X-RAY DIFFRACTION	67.4499
1.516-1.557	0.253	61	0.177	1071	X-RAY DIFFRACTION	81.5562
1.557-1.602	0.202	61	0.173	1172	X-RAY DIFFRACTION	90.1975
1.602-1.652	0.204	82	0.177	1243	X-RAY DIFFRACTION	99.1025
1.652-1.706	0.24	66	0.17	1221	X-RAY DIFFRACTION	99.9224
1.706-1.766	0.2	70	0.176	1189	X-RAY DIFFRACTION	100
1.766-1.832	0.198	62	0.177	1133	X-RAY DIFFRACTION	99.9164
1.832-1.907	0.22	58	0.16	1113	X-RAY DIFFRACTION	99.8295
1.907-1.992	0.202	57	0.169	1075	X-RAY DIFFRACTION	99.9117
1.992-2.089	0.225	66	0.159	1000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.089-2.201	0.174	57	0.144	962	X-RAY DIFFRACTION	99.609
2.201-2.335	0.167	57	0.148	915	X-RAY DIFFRACTION	99.5902
2.335-2.496	0.182	51	0.15	867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.496-2.695	0.143	35	0.128	826	X-RAY DIFFRACTION	99.6528
2.695-2.952	0.169	35	0.148	754	X-RAY DIFFRACTION	99.8734
2.952-3.299	0.167	41	0.148	685	X-RAY DIFFRACTION	99.8624
3.299-3.808	0.164	15	0.128	628	X-RAY DIFFRACTION	99.8447
3.808-4.658	0.165	20	0.136	535	X-RAY DIFFRACTION	99.6409
4.658-6.566	0.192	22	0.159	425	X-RAY DIFFRACTION	99.7768
6.566-37	0.182	10	0.161	256	X-RAY DIFFRACTION	98.155

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -6.5656 Å / Origin y: 8.192 Å / Origin z: -16.9696 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0083 Å²	-0.0089 Å²	-0.0033 Å²	-	0.0269 Å²	0.0125 Å²	-	-	0.0116 Å²
L	0.6026 °²	-0.0637 °²	-0.3037 °²	-	0.0935 °²	-0.1152 °²	-	-	0.524 °²
S	-0.015 Å °	-0.0149 Å °	-0.0643 Å °	0.0278 Å °	-0.0278 Å °	-0.0086 Å °	-0.0357 Å °	0.0116 Å °	0.0427 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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