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万見
- PDB-6tjn: Human transthyretin (TTR) complexed with (E)-3-(((4-hydroxybenzyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tjn
タイトルHuman transthyretin (TTR) complexed with (E)-3-(((4-hydroxybenzylidene)amino)oxy)propanoic acid
要素Transthyretin
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Transthyretin / TTR / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NEK / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.702 Å
データ登録者Ciccone, L. / Shepard, W. / Nencetti, S. / Orlandini, E. / Rossello, A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Monoaryl derivatives as transthyretin fibril formation inhibitors: Design, synthesis, biological evaluation and structural analysis.
著者: Ciccone, L. / Nencetti, S. / Tonali, N. / Fruchart-Gaillard, C. / Shepard, W. / Nuti, E. / Camodeca, C. / Rossello, A. / Orlandini, E.
履歴
登録2019年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0874
ポリマ－27,6692
非ポリマー4182
水3,711206
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1748
ポリマ－55,3384
非ポリマー8374
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.190, 85.870, 63.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

NEK

21A-201-

NEK

31A-343-

HOH

41B-362-

HOH

51B-390-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 13834.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-NEK / 3-[(~{E})-(4-hydroxyphenyl)methylideneamino]oxypropanoic acid


分子量: 209.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein: 4.93 mg/mL, Tris pH 8.0, 150mM NaCl. Reservoir: 24% PEG 600, 0.2 Imidazole Malate pH 5.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月6日
放射モノクロメーター: Cryogenically cooled channel cut Si[111] crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 26756 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.62
反射 シェル解像度: 1.71→1.72 Å / Num. unique obs: 52925 / CC1/2: 0.74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TQ8

4tq8


解像度: 1.702→38.584 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1925 1337 5 %
Rwork0.1744 --
obs0.1753 26749 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 165.28 Å2 / Biso mean: 38.5857 Å2 / Biso min: 15.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.702→38.584 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1796 0 50 206 2052
Biso mean--90.84 49.16 -
残基数----232
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.702-1.76280.41981290.3984246398
1.7628-1.83340.32011320.33312498100
1.8334-1.91680.30511310.25042499100
1.9168-2.01790.24691320.19562504100
2.0179-2.14430.21961350.18212551100
2.1443-2.30980.21561310.16162500100
2.3098-2.54220.22181350.16162554100
2.5422-2.910.14721340.15642551100
2.91-3.66580.16941350.15552575100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.1722 Å / Origin y: 12.9763 Å / Origin z: 15.5906 Å
111213212223313233
T0.1868 Å2-0.0158 Å2-0.0039 Å2-0.1641 Å2-0.0087 Å2--0.2095 Å2
L1.292 °20.0237 °20.3076 °2-1.1854 °20.0568 °2--1.6649 °2
S-0.0022 Å °-0.0746 Å °0.1827 Å °0.0951 Å °-0.053 Å °-0.0021 Å °-0.0547 Å °-0.0749 Å °0.0552 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA9 - 201
2X-RAY DIFFRACTION1allB9 - 201
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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