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万見
- PDB-6tfq: Structure in P3212 form of the PBP/SBP MoaA in complex with manno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tfq
タイトルStructure in P3212 form of the PBP/SBP MoaA in complex with mannopinic acid from A.tumefacien R10
要素ABC transporter substrate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Solute binding protein / periplasmic binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / Chem-N72 / ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Morera, S. / Vigouroux, A.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Import pathways of the mannityl-opines into the bacterial pathogen Agrobacterium tumefaciens: structural, affinity and in vivo approaches.
著者: Vigouroux, A. / Dore, J. / Marty, L. / Aumont-Nicaise, M. / Legrand, P. / Dessaux, Y. / Vial, L. / Morera, S.
履歴
登録2019年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter substrate-binding protein
B: ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,90934
ポリマ－111,3622
非ポリマー3,54732
水14,484804
1
A: ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,55118
ポリマ－55,6811
非ポリマー1,87017
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,35816
ポリマ－55,6811
非ポリマー1,67815
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.980, 155.980, 181.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 ABC transporter substrate-binding protein / MoaA / Peptide/nickel transport system substrate-binding protein / Polyamine ABC transporter ...MoaA / Peptide/nickel transport system substrate-binding protein / Polyamine ABC transporter substrate-binding protein


分子量: 55680.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
遺伝子: moaA, ddpA, A6U90_18755, At1D1609_52430, AtA6_55190
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O50271
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 834分子

#3: 化合物 ChemComp-N72 / (2~{R})-2-[[(3~{R},4~{R},5~{S})-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)-2-oxidanylidene-hexyl]amino]pentanedioic acid


分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.93 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2 M AS, 100 mM Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→47.84 Å / Num. obs: 157907 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.36 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 15.01
反射 シェル解像度: 2.05→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 1.613 / Num. unique obs: 25177 / CC1/2: 0.546 / Rpim(I) all: 0.426

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→47.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU R Cruickshank DPI: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.103 / SU Rfree Blow DPI: 0.097 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.096
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 7895 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.186 157905 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 183.04 Å2 / Biso mean: 54.95 Å2 / Biso min: 34.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8847 Å20 Å20 Å2
2--1.8847 Å20 Å2
3----3.7694 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→47.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7692 0 198 804 8694
Biso mean--103.28 58.6 -
残基数----986
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2723SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1361HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8047HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1053SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9636SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8047HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10961HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.69
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2743 158 5 %
Rwork0.2505 3001 -
all0.2517 3159 -
obs--91.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6545-0.01160.18780.5323-0.14620.5807-0.045-0.0492-0.00560.0860.0145-0.00490.0060.07670.0305-0.16870.0444-0.0251-0.28210.0015-0.217112.0303118.4167-8.2266
20.79590.0036-0.10741.10150.29540.5201-0.0689-0.0870.1060.17960.01470.0218-0.1152-0.06480.0542-0.03270.0756-0.0144-0.219-0.0346-0.1229-14.7608149.1961-9.5858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|30 - A|367 }A30 - 367
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|365 }B2 - 365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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