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- PDB-6tdf: Crystal structure of Aspergillus fumigatus Glucosamine-6-phosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tdf
タイトルCrystal structure of Aspergillus fumigatus Glucosamine-6-phosphate N-acetyltransferase 1 in complex with compound 3
要素Glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / fragment screening / anti fungal / Aspergillus fumigatus / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosamine-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / Chem-N3Q / Glucosamine 6-phosphate acetyltransferase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Raimi, O.G. / Stanley, M. / Lockhart, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)M004139 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Targeting a critical step in fungal hexosamine biosynthesis.
著者: Lockhart, D.E.A. / Stanley, M. / Raimi, O.G. / Robinson, D.A. / Boldovjakova, D. / Squair, D.R. / Ferenbach, A.T. / Fang, W. / van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2019年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5134
ポリマ－21,1261
非ポリマー1,3873
水81145
1
A: Glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0268
ポリマ－42,2522
非ポリマー2,7746
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area9610 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.960, 101.710, 55.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

N3Q

21A-202-

N3Q

31A-202-

N3Q

41A-202-

N3Q

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要素

#1: タンパク質 Glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase


分子量: 21126.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 遺伝子: AFUA_6G02460 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4WCU5, glucosamine-phosphate N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-N3Q / 2-[[3,5-bis(chloranyl)-4-(4~{H}-1,2,4-triazol-3-yl)phenyl]-(2-hydroxyethyl)amino]ethanol


分子量: 317.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14Cl2N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖 ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
a-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1. 10% peg 1000, 10%peg 8000 2. 30% peg1500

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→58.2 Å / Num. obs: 13064 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2→2.08 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 13064 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.578

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vez

2vez


解像度: 2.01→58.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.049 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2642 652 5 %RANDOM
Rwork0.2107 ---
obs0.2133 12493 94.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.66 Å2 / Biso mean: 43.114 Å2 / Biso min: 29.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.61 Å20 Å20 Å2
2---2.53 Å20 Å2
3----2.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→58.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1314 0 87 45 1446
Biso mean--48.25 54.03 -
残基数----165
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0131430
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0171314
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8091.7321943
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3291.6393038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9855164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.94121.23373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.05815235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0411511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02310
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.08 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 64 -
Rwork0.359 861 -
obs--93.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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