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- PDB-6tcu: Glycogen synthase kinase-3 beta (GSK3b) in complex with ligand 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tcu
タイトルGlycogen synthase kinase-3 beta (GSK3b) in complex with ligand 1
要素Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE / GSK3BETA KINASE / INHIBITOR / PROTEROS
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation ...neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / maintenance of cell polarity / positive regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of cilium assembly / beta-catenin destruction complex / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / tau-protein kinase / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / Wnt signalosome / regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of protein localization to nucleus / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of axon extension / Maturation of nucleoprotein / tau-protein kinase activity / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axonogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / ER overload response / glycogen metabolic process / establishment of cell polarity / regulation of neuron projection development / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / protein kinase A catalytic subunit binding / dynactin binding / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of osteoblast differentiation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / canonical Wnt signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of protein binding / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of cellular response to heat / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / positive regulation of protein ubiquitination / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of autophagy / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / regulation of microtubule cytoskeleton organization / response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of cell migration / positive regulation of protein export from nucleus / excitatory postsynaptic potential / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / mitochondrion organization / hippocampus development / positive regulation of cell differentiation / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / beta-catenin binding / peptidyl-serine phosphorylation / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / tau protein binding / Regulation of RUNX2 expression and activity / Wnt signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of protein catabolic process / p53 binding / kinase activity / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of neuron apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-N1Q / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Lammens, A. / Krapp, S. / Buonfiglio, R. / Ombrato, R.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Optimization of Indazole-Based GSK-3 Inhibitors with Mitigated hERG Issue andIn VivoActivity in a Mood Disorder Model.
著者: Prati, F. / Buonfiglio, R. / Furlotti, G. / Cavarischia, C. / Mangano, G. / Picollo, R. / Oggianu, L. / di Matteo, A. / Olivieri, S. / Bovi, G. / Porceddu, P.F. / Reggiani, A. / Garrone, B. / ...著者: Prati, F. / Buonfiglio, R. / Furlotti, G. / Cavarischia, C. / Mangano, G. / Picollo, R. / Oggianu, L. / di Matteo, A. / Olivieri, S. / Bovi, G. / Porceddu, P.F. / Reggiani, A. / Garrone, B. / Di Giorgio, F.P. / Ombrato, R.
履歴
登録2019年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8884
ポリマ－40,3411
非ポリマー5473
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area410 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area17680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.783, 107.851, 104.226
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta / Serine/threonine-protein kinase GSK3B


分子量: 40341.309 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSK3B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-N1Q / 5-[2,3-bis(fluoranyl)phenyl]-~{N}-[[1-(2-methoxyethyl)piperidin-4-yl]methyl]-1~{H}-indazole-3-carboxamide


分子量: 428.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26F2N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% (w/v) PEG8000 0.13 M NaCl 0.1 M Tris Acetate pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00004527943 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004527943 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→66.65 Å / Num. obs: 26305 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 57.045 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 20.08
反射 シェル解像度: 2.14→2.39 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 3.52 / Num. unique obs: 7373 / CC1/2: 0.999 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.14→66.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 14.454 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.178
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2397 1478 5.6 %RANDOM
Rwork0.2019 ---
obs0.204 24826 98.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 149.78 Å2 / Biso mean: 67.693 Å2 / Biso min: 34.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.98 Å2-0 Å20 Å2
2---1.09 Å2-0 Å2
3---5.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→66.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2808 0 37 87 2932
Biso mean--65.12 57.87 -
残基数----350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192847
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.9733892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.22936154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0015351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.74223.333117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.00815434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5081518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2441
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02646
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.196 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 105 -
Rwork0.329 1790 -
all-1895 -
obs--97.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1195-1.0933-1.70932.97480.96786.3080.11370.4667-0.182-0.2833-0.1912-0.2097-0.20370.18880.07760.22130.0937-0.05390.1447-0.06350.2079-1.712-20.539-5.146
24.78790.89930.23212.83190.58282.48250.0037-0.5249-0.17790.185-0.09480.2047-0.0056-0.23360.09120.1407-0.00750.00440.07710.01680.033-18.921-12.00515.948
300000000000000-00.1371000.137100.1371000
400000000000000-00.1371000.137100.1371000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 135
2X-RAY DIFFRACTION2A136 - 400
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4B136 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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