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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tbf | ||||||
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タイトル | Structure of a beta galactosidase with inhibitor | ||||||
要素 | Beta-galactosidase, putative, bgl35A | ||||||
キーワード | HYDROLASE / beta galactosidase / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / vacuole / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cellvibrio japonicus Ueda107 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Offen, W. / Davies, G. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Molecules / 年: 2020 タイトル: Mechanistic Insights into the Chaperoning of Human Lysosomal-Galactosidase Activity: Highly Functionalized Aminocyclopentanes and C -5a-Substituted Derivatives of 4- epi -Isofagomine. 著者: Weber, P. / Thonhofer, M. / Averill, S. / Davies, G.J. / Santana, A.G. / Muller, P. / Nasseri, S.A. / Offen, W.A. / Pabst, B.M. / Paschke, E. / Schalli, M. / Torvisco, A. / Tschernutter, M. / ...著者: Weber, P. / Thonhofer, M. / Averill, S. / Davies, G.J. / Santana, A.G. / Muller, P. / Nasseri, S.A. / Offen, W.A. / Pabst, B.M. / Paschke, E. / Schalli, M. / Torvisco, A. / Tschernutter, M. / Tysoe, C. / Windischhofer, W. / Withers, S.G. / Wolfsgruber, A. / Wrodnigg, T.M. / Stutz, A.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tbf.cif.gz | 1.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tbf.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tbf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tbf_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tbf_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6tbf_validation.xml.gz | 190.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tbf_validation.cif.gz | 290.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/6tbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/6tbf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62127.023 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Beta galactosidase without predicted signal sequence and with N-terminal his tag 由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus Ueda107 (バクテリア) 遺伝子: bgl35A, CJA_2707 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3PBE0, beta-galactosidase #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-N0T / ( #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.13 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→115.94 Å / Num. obs: 798809 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 38828 / CC1/2: 0.693 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4D1I 解像度: 1.5→115.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.848 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.063 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY THERE IS UNMODELLED DENSITY BETWEEN THE SIDE CHAIN OF TRP480 AND THE HYDROCARBON CHAIN OF THE LIGAND IN SOME ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY THERE IS UNMODELLED DENSITY BETWEEN THE SIDE CHAIN OF TRP480 AND THE HYDROCARBON CHAIN OF THE LIGAND IN SOME OF THE MOLECULES THE LOOPS BETWEEN THR433 AND LYS448 HAVE BEEN MODELLED AT REDUCED OCCUPANCY OR WITH CHAIN BREAKS WHERE RESIDUES COULD NOT BE PLACED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 154.4 Å2 / Biso mean: 23.913 Å2 / Biso min: 12.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→115.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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